第一章
1866年，发生了一件没有人能解释的清的“怪事”：这一段时间来，不少船只在海上碰到了一个怪物。它体型巨大，保守估计有二百英尺长；动作神速，在海洋上平平造成海难，使人们大大的受到了震动。这只海怪变成了各大城市时髦的话题，甚至有人把它搬上了舞台……最使人们轰动的，它将举世文明的“斯科蒂亚”号的四厘米厚的钢板穿透，留下了一个非常规则的等腰三角形。这件事后，人们的情绪又煽动起来了，把所有原因不明的海难，都算在了这个怪物头上，并提出要求，将这个被认为是鲸类的海怪从海洋中清除出去。
第二章
这些事件发生后，各地对海怪的猜测五花八门：浮岛、暗礁、巨鲸、船只……最后争论的焦点落在力大无穷的巨鲸和海底船只的上面。“我”——巴黎博物馆的皮埃尔•阿罗纳克斯教授，试图在《纽约先驱论坛报》上解释，我认为大海深处对我们来说是完全陌生的，我们对这个星球上的各种生物并不全都了解，这个怪物可能是一头生活在探测器达不到的水层中的巨大独角鲸。正在我准备返回法国时，美利坚共和国政府下令进行一次捕鲸远征，我收到了一封来自海军部长J.B.霍布森的邀请信。
第三章
面对怪物的神秘，面对带回独角鲸的巨大名利收益，我毫不犹豫的答应了美国政府的邀请。我让我忠实、能干、遇事冷静的仆人孔塞伊收拾完了行李，安顿完踏上了驱逐舰“亚伯拉罕•林肯”号。无数的人在码头上为我们送别，晚上八点整，火岛的灯光被甩到西北方以后，我们的驱逐舰级开足马力，像大西洋的黄昏海面上全速前进。
第四章
“亚伯拉罕•林肯”号的舰长是一名出色的海员，他下定决心，要么杀死独角鲸，要么独角鲸要了他的命，没有折中的余地。在为数两千元的奖金的诱惑下，所有船员都瞪大眼睛观察浩瀚的大洋。驱逐舰上精心准备了能够捕获距今的各种设备，从用射手的鱼叉，到喇叭口形炮上用的带倒刺的箭、大鸭子的小炮用的开花弹，应有尽有。以及一件终极毁灭性武器——捕鲸大王，加拿大人，内德•兰德。但是他不太相信有什么独角鲸。于是我从水的压力推出它的身体结构的强壮、它的力量，可内德•兰德仍然固执于自己的看法。
第五章
六月三十日那天，内德•兰德帮助“门罗”号捕获了两只鲸鱼，这使我相信，那头怪物一旦碰上内德•兰德这位捕鲸手，是没有希望逃脱的。驱逐舰沿着美洲西南岸前进。我们常遇到几头任性的鲸鱼把黑色脊背露出水面，我也会跟着船上的头头们和其他水手一起激动。可是那位捕鲸能手在他不当值的时候，十二个小时里，却用八个小时看书或躺在舱室里睡觉。他认为，我们很难遇到那头独角鲸。我们的舰只仍在太平洋上漫无目的的航行着，却没有任何发现。三个月过去了，海员们开始泄气。舰长承诺，要求大家在耐心等上三天。如果那个怪物在三天没有出现的话，就立即返航。在第二天，11月5日，严格规定的最后期限，内德•兰德率先发现了海怪。
第六章
在距离“亚伯拉罕•林肯”号右舷后面两链的地方，海水似乎被底下照亮了——那个怪物带着很强而不可名状的光，出现在了我们的眼前。它以无法形容的速度像我们冲来、绕着我们转又突然出现在了驱逐舰的另一侧，我们都被惊呆了。舰长认为它拥有雷电般的力量，所以不想再这么黑的时候轻率地拿驱逐舰去冒险。这样到了第二天晚上，双方形成对峙。一位老炮手将炮弹击中了海怪，但打得不正，从他圆滚的身体上划了过去。驱逐舰试着偷偷的接近对手，内德•兰德也在此时给出了致命一击——他投出的捕鲸叉击中了海怪，却发出了似乎是碰到什么坚硬的物体上的声音。正在此时，独角鲸却突然将灯光熄灭了，向林肯号喷出了两股巨大的水柱，人们被冲倒，缆绳也被冲断，我也在这次可怕的冲撞中，被甩到了大海上。
第七章
我被投入海里大约二十英尺的深处，很快地就浮出了水面，却发现“亚伯拉罕•林肯”号向东逝去。当我万分绝望时，孔塞伊也跳入海里来保护我。我还指望着驱逐舰来救我们，可孔塞伊说，“亚伯拉罕•林肯”号的螺旋桨和舵都碎了。我与孔塞伊在海里互相支持着。慢慢的，我的体力全部耗尽了，这时，我听到孔塞伊连喊了几次“救救我们！”，竟听到了有人回应我们，孔塞伊将我支持到了最后，突然一双有力的大手，将我拉出了海面，接着我就昏过去了……醒来时，我发现孔塞伊和内德•兰德都在我身旁。内德•兰德告诉我，我们现在那头“独角鲸上”，这使我大为震惊，那头海怪，居然是人造的！太阳出来时，我们发现这艘潜艇在慢慢下沉，内德•兰德愤怒地跺着钢板，突然，八个膀大腰圆的蒙面大汉，把我们拖进了那架吓人的潜水艇。
第八章
我、孔塞伊和内德•兰德，都被粗暴地抓住了这艘潜水艇中，随后就被关进了一间屋子。内德•兰德大发雷霆，狠狠地咒骂着。半个小时过去了，突然，我们眼前一亮，屋内从极度的黑暗变成闪耀的光明，屋内进来了两个人：一个是小个子，肌肉异常发达；一个是大个子。我试着用法语把我们的情况告诉了他们，并做了自我介绍，可他们看上去没听懂。接着，我请内德•兰德使用英语再将我们的经历——带着一些抱怨，以及比划了“我们已经饿得要死了”的手势，可是他们似乎还没听懂。随后，孔塞伊又用德语，我用拉丁语，将上面的话又重复了一遍，可是他们仍然看上去没听懂，随后他们就退了出去。一会儿，一个侍者给我们带来了衣服，又给我们摆上了吃的，我们酒足饭饱一顿，接着就睡过去了。
第九章
我们仍被关在“牢房”里，我醒来后，感到呼吸困难，屋内的空气十分浑浊，当务之急是给我们的牢房换气。突然，吹进了一股清新而带有盐味的空气，这使我明白了这条船的呼吸方式，它浮出了洋面，像鲸鱼一样的呼吸。这时，孔塞伊和内德•兰德也醒来了，孔塞伊像往常一样彬彬有礼地向我问好，而内德•兰德在一边抱怨侍者不来送饭。我们讨论着我们的结局，内德•兰德则计划着逃跑，或是想夺过这艘船。时间长了，内德•兰德被胃痉挛折磨得够戗，于是越来越恼火。又过了两个小时，内德•兰德的怒火爆发了，这是一位侍者打开了门。内德•兰德将侍者扑倒在地，掐着他的脖子。这时，我们突然听到几句法语：“冷静点，兰德师傅；还有您，教授先生，请听我说！”
第十章
这个“怪物”的主人出现了，虽然法语、英语、德语和拉丁语他都能听懂，可是初次见面他没有和我们交谈的原因是确认我们的话是否真实；第二次造访来迟的原因是他在权衡对我们将要对我们采取的做法。并为我们对他的船进行的攻击而感到愤怒。我表示我们只是因为把他的潜艇当做海怪，才向它发起攻击的，却被艇长以“您的那艘驱逐舰不会像追击一头怪物那样，追击一艘潜水艇吗？”驳回。接着我与船长就对我们的处理开始谈话，最后达成协议：我们在艇上享有完全的自由，但在出现一些意料不到的情况时，我们会被再次关起来。同时，我们也不能离开这艘艇。这事我也知道了，他叫做内莫。之后，内莫船长邀我们共进午餐。内莫船长说，他所有的一切都拜他海所赐，同时邀请我参观“鹦鹉螺”号。
第十一章
我们参观了图书室，这里有高高的书架、沙发和桌子；书架上有一万二千册书：有各种文字写成的科学著作、伦理学著作和文学著作，可是没有一本政治经济学著作。在这些书中，我看到的约瑟夫•贝特朗的著作《天文学的奠基者们》——这本1865年出版的书，使我推测出内莫船长在海底生活的时间，充其量也就只有三年。同时，图书室也是吸烟室，内莫船长给了我一只用海带制成的雪茄。随后我们进入图书室的一道门，来到了一间大厅——一间像博物馆的大厅。里面有出自大师之手的油画、雕像和音乐作品；还有植物、贝壳和其他海洋生物标本；以及喷水池，圣水盆等等。他们都将我深深的折服。这时我想了解“鹦鹉螺”号的动力，船长带我来到了我的房间，并开始对我讲。
第十二章
船长房间里的墙上挂着一些仪表：有温度计，气压计，湿度计，压力计等；还有罗盘，六分仪，经线仪；还有白天和黑夜用的望远镜。船长说，船上有一件东西，有力，驯服，快捷，方便，干什么都行，是船上的主宰。干什么都靠它，它为我照明，为我供暖，还是我这里一切机械的灵魂。这个东西，就是电。我也对此提出疑问：“您用什么来替代如锌这样的元素？”船长表示，他用海水中的氯化钠和汞混在一起，构成汞和金，用它来供电。我又提出了一系列的问题，内莫船长一一回答，使我感到大为震惊。
第十三章
我与内莫船长坐在沙发上，船长把“鹦鹉螺”号的平面图、解剖图和立视图放在我眼前，并为我讲解了“鹦鹉螺”号的构造与运动的原理：从艇的尺寸，形状到它的表面积、体积和重量；从钢板的密度和重量到机器、压舱物、各种附属设备、装备、隔板和内部的支撑物的重量。并用几组数据解释给我。同时向我介绍了“鹦鹉螺”号的操作，使我感到奇妙。船长说，制造这艘潜艇时，他从地球上的不同角落搞到了这艘潜艇的每个部件：如法国的龙骨，伦敦的螺旋桨轴等。并在大洋里的一个荒岛上建了个车间，在那里和他忠实的同伴安装好了“鹦鹉螺”号，这艘船的造价也十分昂贵，建造船只连同装备一共花费，一百六十万八千七百法郎，连船内所有的艺术品和收藏物一共四五百万法郎。
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