研究癌细胞对药物和遗传扰动的反应的方法通常仅限与使用简单的表型读数，例如增值率。诸如基因表达谱分析等数据丰富的测定方法通常不允许在多个细胞环境中对给定扰动进行有效的谱分析。在此，研究人员开发了MIX-seq，一种基于单细胞RNA测序数据的SNP计算多路分解的方法，用于实现单细胞分辨率下的扰动后反应的混合样本的多重转录谱分析。研究表明，MIX-seq可用于分析100个或更多癌细胞系pool中化学或遗传扰动的响应。研究人员将其与Cell Hashing（一种细胞标记技术）结合使用，以进一步复用其他实验条件，例如治疗后的时间点或药物剂量。分析高含量的scRNA-seq读数可揭示共有的以及环境特异的转录反应组分，这些组分可以用来鉴定药物的作用机制，并能够通过治疗的短期转录反应来预测治疗的长期细胞活性。
来源： 【PMID】32855387
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本文标题：【文献简报】-多重单细胞转录反应图谱定义癌症易感性和治疗作用机制
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/tozlmktx.html
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