香港黑道，三合会老大倪坤被谋杀，黑帮重新洗牌。
作为倪坤的儿子，陈永仁却立志要与黑帮脱离关系，成为社会上的好人，所以奋发图强，以第一名资格考入警校。无奈家族背景黑暗，最终，他被警校除名。
但重案组黄警官很欣赏陈永仁的敏锐，他将少年派入三合会，成为警方混入黑帮的卧底。
这一边，少年刘建明被洗牌后的黑帮新老大韩琛从贫民窟带出来，为了上位，他不得不听从黑帮老大的安排，他也进入警校，毕业以后，顺利进入警局。
凭着韩琛提供的各路黑帮犯罪信息，刘建明在警局平步青云。而此时的他的另一个身份却是黑帮潜藏于警局的卧底。
所谓黑白双道中的黑，不过是犯罪分子要躲过警察的眼线进行地下交易，而白，就是要奋不顾身地将这些犯罪勾当一并取缔，陈永仁与刘建明就是这两道的典型代表。
身为卧底，诸事迫不得已。特别是被黑道发现身份，分分钟都有可能牺牲自己的性命。
韩琛一直跟泰国方有毒品往来。一直在韩琛身边的陈永仁一得知消息便将此事秘密传递到警局。与此同时，潜藏在警局的刘建明也在密切关注着事态的发展，他将韩琛被警察盯梢一事通过电网手段泄露给对方。
当韩琛得知自己行踪暴露，更获了交易地址，即使这样，他们仍然迟迟不交易，而是命手下开着车子在街上故意兜圈。
谨慎的陈永仁一获取新地址后，以敲手指的摩斯密码方式通过窗外的无线接收器通知警方，并以这种方式告知警方，韩琛戴着两副耳机。
警方推测，韩琛的两部耳机，一部是用于黑帮内部指挥，另一副则极可能是接收警局卧底的信息。
为抓现行，也为了暂时放松黑道的警惕，白道这边也迅速更换了频道。
当韩琛一伙决定在龙鼓滩收货时，陈永仁很快将新地址传递到警方。
新地址传来，身在警局的刘建明再次在网络信息上做了手脚，短信传到韩琛这里：被警告“有内鬼，终止交易。”
这一事件之后，黑白双方对各自都安插了卧底之事已心知肚明。
陈永仁差点被韩琛怀疑，心狠手辣的他当场敲破陈永仁受伤手臂上的石膏，并没有找出证据，他暂时放过了他。
而刘建明因为在警司一直表现优异，这次又被高层委以调查警方内鬼之重任。于是，他利用职务意图从黄警官身上找到黑道内鬼的行踪。
黄警官在大楼天台上约见陈永仁，见面结束，为了防止身份暴露，黄警官选择走楼层电梯，而陈永仁则从天台的升降机下行。
因刘建明将黄警官行踪透露给韩琛，韩琛调动手下所有杀手前来围堵，踏入电梯的黄警官与黑帮兄弟撞个正着，他被黑帮群殴，最终从楼上扔下而亡。
黄警官殉职之后，刘建明暂时坐上他的位置。
此时的他开始反悔。毕竟警方为正道，在警局，黄警官待如兄弟一般，而与韩琛之间，只不过是互相利用而已。
若要改邪归正，最好的方式便是先要韩琛死。
在前去围堵黄警官的队伍中，傻强一直在充当司机，他被乱枪射杀。他死后，警方发布新消息，称他就是卧底警察。
作为韩琛比较器重也比较信任的一名手下，他担心傻强死前曾交待存放毒品的位置，于是立即前去确认。
韩琛到达货仓，刘建明借此机会将其一枪击毙。
韩琛死后，陈永仁去警司要求恢复身份。就在刘建明办公室，他意外发现黑帮兄弟们的档案。来自于黑帮的档案袋现在竟然出现在刘建明办公室，这就代表与韩琛直接交手之人正是刘建明。
所以，毋容置疑，刘建明正是黑帮驻警局卧底。
而刘建明从陈永仁那里获得黄警官电脑秘码之后，永久删除了陈永仁身为警察的档案，
事已到此，黑白两道必须正面交锋，两人约见于天台，刘建明向陈永仁表露心迹，他想做一名真正的警察，但陈永仁不敢信任他，他将刘铐起来。两人僵持间，却被黑帮另一位安插于警局的卧底大B追来，他将陈永仁击毙。
进入电梯之时，趁着大B给自己松开手铐的间隙，刘建明枪杀了大B。
刘建明已无回头之路，但凡有人知道自己身份，只一个字，死。
刘建明编造一系列天台事故，以为自己的计划天衣无缝，然而，他真能为自己成功洗白吗？
《无间道》之下一部，无疑，会更精彩。
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