生信自学网泛癌单基因

01简介

1. OS,DSS,DFI,PFI分析
2. 肿瘤突变负荷
3. 微卫星不稳定性
4. 肿瘤微环境
5. 免疫细胞浸润
6. 基因共表达
7. GSEA富集分析

研究内容

TCGA的33个癌症类型

工具

1. Perl—正则表达式强大
2. R—统计
3. Bioconductor—生信

数据下载

1. 官网下载比较麻烦，通过UCSC Xena下载，ensembl_ID进行转换
2. TCGA名称，第四个0为肿瘤1为正常或癌旁

3. 目标基因得到矩阵

   
   矩阵
   差异分析结果
   生存分析输入文件
   

   根据基因表达分成两组

   
   生存分析图
   cox基因表达为连续量
   OS
   HR值大于1说明为高风险因素，HR值小于1说明为低风险因素。

疾病相关生存DSS
无病间隔（disease-free interval,DFI)
无进展间隔（progression-free interval，PFI）
临床相关性分析-分期与基因表达

临床相关性
计算肿瘤突变负荷
得到TMB相关性分析，得到显著性之后做雷达图
雷达图
MSI微卫星不稳定性肿瘤细胞内由于重复单位插入缺失导致的微卫星不稳定性
MSI相关性雷达图
肿瘤微环境基质细胞打分，免疫细胞打分，总打分
该打分是一个总的打分，没有具体的免疫细胞的含量
肿瘤微环境相关性分析
免疫细胞浸润
得到每种具体免疫细胞的含量
免疫细胞与基因表达相关性分析
基因共表达
基因与肿瘤的相关系数做相关性检验得到P值，得到显著性与相关系数的热图
共表达热图
GSEA富集分析
得到基因与通路相关性的关系
GSEA富集分析
基因表达越高通路越活跃