python-系统包依赖

环境

OS：Linux 3.13
python：2.7

问题

在公共服务器上没有管理员权限
安装软件rmats2sashimi时，执行python setup.py install,报错无法修改系统文件

解决

1. 在自己的目录下重新安装python

• 下载python源码/安装包
• 解决ssl的问题
• 在安装包的目录下, 依次执行

$ ./configure --prefix=$HOME/python_u
$ make
$ make install 

其中$HOME/python_u是用户自定义的python安装目录
重新安装一个自己python避免修改系统文件？坑！python3之后的版本安装好后，使用pip命令安装包会报错

pip is configure with locations that require TLS/SSL, however the ssl module in Python is not avalible.

2. virtualenv
   Virtualenv是python的一个包，可用于生成虚拟环境，在虚拟环境中下载的包会存放在指定目录下，不用修改系统文件。
   前提是系统上已经安装了python和pip

• 安装virtualenv
  $ pip install virtualenv
• 检查版本
  $ virtualenv --version
• 创建虚拟环境

$ cd my_project
$ virtualenv venv

• 激活虚拟环境
  $ source venv/bin/activate
• 关闭虚拟环境
  $ deactivate
• 需要指定路径python路径生成虚拟环境
  $virtualenv -p /usr/local/pythons venv
• 删除虚拟环境
  $ rmvirtualenv venv

关于virtualenv更详细的使用方法，参考Guid to python