第一阶段，前期准备、调研和工作方案阶段
接受环境影响方案委托后，首先研究国家和地方有关环境保护的法规、政策、标准及相关规划等文件，确定环境影响评价的类型。
在研究相关文件和其他有关文件的基础上，进行初步的工程分析，同时开展初步的环境状况调查及公众意见调查。结合初步工程分析结果和环境现状资料，可以识别建设项目的环境影响因素，筛选主要的环境影响评价因子，明确评价重点和环境保护目标，确定环境影响评价的范围、评价工作的等级和评价标准，最后制定工作方案。
第二阶段，分析论证和预测评价阶段
做进一步的工程分析，进行充分的环境现状调查、监测开展环境质量现状评价，之后根据污染源强和环境现状资料进行建设项目的环境影响预测，评价建设项目的环境影响，并开展公众意见调查。若建设项目需要进行多个厂址比选，则需要对各个厂址分别进行预测和评价，并从环境保护角度推荐最佳厂址方案：如果对原选厂址得出了否定结论，需要对新选厂址重新进行环境影响评价。
第三阶段，环境影响评价文件编制阶段
是汇总，分析第二阶段工作所得到的各种资料、数据，根据建设项目的环境影响、法律法规和标准等的要求以及公众的意愿，提出减少环境污染和生态影响的环境管理措施和工程措施。从环境保护的角度确定项目建设的可行性，给出评价结论和提出进一步减缓环境影响的建议，并最终完成环境影响报告书或报告表的编制。
在环境影响评价中，必须遵守的原则有：依法评价原则、早期介入原则、完整性原则和广泛参与原则。
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