近几年，RNAseq测序价格极大降低，许多老师大量的做RNAseq。RNAseq是对样品中的totalRNA提取并进行高通量测序，通过分析获得各类分子的表达量。通过对照组与处理组等比较得到差异表达的基因，并对差异基因进行如GO/KEGG富集，了解处理因素影响的生物学过程、通路等。
RNAseq是RNA分子测序的总称，常见的有mRNA测序，miRNA测序，lncRNA测序，circRNA测序，也可以全部测序，称为全转录组测序。
这几类测序都需要先获得样品的totalRNA, 根据所需要分子的不同。可以对各类分子分别提取，比如用polyA法提取mRNA，进行测序，获得编码蛋白的基因表达谱；通过电泳获得10-50bp左右的small RNA，并进行测序，获得miRNA表达谱。通过去除rRNA，富集长链的RNA的方法获得lncRNA, mRNA表达谱；通过去除线性RNA的方法获得circRNA的表达谱。
通过RNAseq可以筛选出差异表达的分子，进而选取分子进行验证，构建调控机制。但可能整个实验的周期很长，比如1-2年时间，甚至更长。通过接触很多的客户，发现许多老师，在我们这里做了RNAseq实验，希望先对RNAseq的数据进行分析，整理，希望纯数据分析或者稍加验证就可以发表文章，虽然这类文章看过很多，但没有总结明确的规律，秉承解决客户一起问题的原则，我们接下来，对几十篇这类文章进行分析。以了解RNAseq纯分析类文章该如何构思，如何描述数据，放哪些图等。
我们引用“中药研究RNA-seq分析文献2”这篇文章来看一下。
牛蒡子苷元是一种抗癌药物，探讨EriB对血管生成的影响，以斑马鱼为动物模型，观察斑马鱼胚胎中肠下静脉的形成。分别用3种剂量的药物（5，10和15μM)处理斑马鱼胚胎72小时时，SIV的形成受到抑制。那么问题来了，抑制的机理时什么，胚胎内哪些基因发生了改变，哪些生物学功能，通路发生了改变？然后作者，将对照，10um药物组，15um药物组样品拿去做RNAseq。并进行生物信息学分析，获得差异基因及其涉及的生物学过程、通路等。
RNAseq结果展示1（附件）：对照组、药物浓度1组、药物浓度2组差异基因展示及GO/KEGG结果。
说明：A是所有的差异表达基因，1500个，可以看出，作者没有做生物学重复，由于基因过多，所以未显示基因名字。这是一个差异表达基因的常用展示方法，将所有差异基因做个热图。B，对差异基因做KEGG，找通路。C，GO分析中的生物学过程。D：细胞组分，E：分子功能，F：主要的蛋白结构域。这里展示的是-log10(p-value)。有些老师觉得是不是必须用padj，我觉得没必要。
RNAseq结果展示2（正文）：使用p<0.05筛选差异基因，发现有72个差异表达，1 up-regulated and 51 down-regulated(p < 0.05)。
结果说明：A图是选出来的72个基因的热图。一般来说，我门在正文里放热图 时，多选择一部分与实验相关的基因，比如本文的抗血管生成的基因。我经常跟老师讲，RNAseq的热图一般是不能直接用的，公司给出的是所有差异基因的热图，或者top100这样的热图。而文中的热图要根据实验需要挑选基因放热图。所以写文章时需要找公司重新绘制热图。所以公司的服务质量非常重要。如果不知选哪个公司做RNAseq，找我们就好了。B图是挑选的部分大于2倍的基因做的qPCR。说明与RNAseq的结果一致。
RNAseq结果展示3（附件）：差异基因列表
作者将差异基因列表作为附件，如下:
RNAseq结果展示4（附件）：差异基因富集的GO/Pathway
接下来，作者对做了细胞的周期、增殖等检测，说明牛蒡子苷元对细胞的影响，同时找了靶标通路。
这篇文章，我们可以看出，RNAseq是对细胞、对所有基因的整体描述，通过全基因表达谱，我们可以看出细胞基因发生了哪些变化，通路发生了哪些变化等。
该文RNAseq展示的结果，是所有差异基因热图，差异基因列表，差异基因GO/KEGG富集图，富集通路表，重要基因热图。
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