我认为生信知识体系主要由三个体系构成,分别为第一,生物学知识,第二,编程能力,第三,数学能力,三者相辅相成,如果想在生信领域有更深刻地理解,必须要在这三面进行刻意地练习。
生物学知识不用说了,没有生物学知识对于实验的设计,理解是没有逻辑的,分子生物学,细胞生物学,免疫学都是这部分知识的构成,可以说是这是生物学背景出身学习生信的基础。
编程能力。主要是以Linux,Python,R为基础。这部分是生物学背景出身的人最为欠缺的,另外一方面,由于缺乏基础,学习起来比较吃力,不太容易获得正向反馈,学习起来也容易丧失信心。还有就是,这些工具就是工具,工具就需要长期地使用,练习,学习的时候,需要勤记笔记,经常使用,不仅仅要在生信领域使用,还要在其它领域使用,例如写个处理文档的脚本,写个爬虫等,总之,要用起来,否则当时学习会了,笔记也没记,自己再用起来,又忘了。
数学知识。我觉得想要在对生信有进一步深刻地解理(其实不仅是生信,理工科都是这样),数学功底必不可少,很多生信软件,生信分析方法的基础就是线性代数与统计学,就我周围的情况来看,生信学得好的人,通常统计学与数学也都不错,而生物学出身的人,很容易卡在这个方面(毕竟考研不考数学)。
我记得一个同学也说过类似的话:
学生信的过程中,通常会有两条方式。第一种就是,先打下统计学,线性代数,高等数学,生物学这些基础学科的基础,然后再在这个基础上去学习R,Python,Linux,熟悉各种生物学研究中的这种模型时就会得心应手,不过这种方式成长很慢,很多人坚持不下去,毕竟基础学科学习起来非常枯燥,很难有良性反馈,但这种方式后劲十足。
第二种方式就是,从零基础开始,学习R,Python,Linux,一天之内就能看到自己代码的运行结果,很容易有成就感。另外一些代码都是现在的,套用别人的代码,也能做出发表极的Figure,这种方式能形成良性的反馈,让自己有兴趣继续学下去。
但是,一旦仅仅满足于一些代码的套用,画张图,就认为这是生信,学会了生信,就麻烦了,因为这会导致人很容易待在这个舒适区里,则很难再向上突破。生信的背后是数学与统计学,如果不懂这些,无法根据自己的实验进行个性化分析等等。
这两种方式我觉得就类似于笑傲江湖中气宗与剑宗的区别,前者前者成长慢,但后劲十足,后者成长快,但很快就后继无力。
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