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分析流程self

分析流程self

作者: jiarf | 来源:发表于2020-09-14 12:12 被阅读0次

单细胞转录组测序可用于 :

1 探索组织中存在哪些细胞类型
2 识别未知/稀有的细胞类型或状态
3 阐明分化过程中或跨时间或状态的基因表达变化
4 识别在不同条件(例如治疗或疾病)下特定细胞类型中差异表达的基因
5 探索细胞类型之间的表达变化,同时纳入空间、调控和/或蛋白质信息
有个教程
https://www.jianshu.com/p/e3e015a97812

基因表达矩阵

移除批次效应

过滤低表达基因

PCA TSNE

标准化

聚类

KEGG富集分析

蛋白网络分析

发育轨迹分析

单细胞数据标准流程:

image

单细胞转录组数据分析教程

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一)

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二)

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四)

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(五)

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(六)

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(七)-导入10X和SmartSeq2数据Tabula Muris

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(八)- Scater包输入导入和存储

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