单细胞转录组测序可用于 :
1 探索组织中存在哪些细胞类型
2 识别未知/稀有的细胞类型或状态
3 阐明分化过程中或跨时间或状态的基因表达变化
4 识别在不同条件(例如治疗或疾病)下特定细胞类型中差异表达的基因
5 探索细胞类型之间的表达变化,同时纳入空间、调控和/或蛋白质信息
有个教程
https://www.jianshu.com/p/e3e015a97812
基因表达矩阵
移除批次效应
过滤低表达基因
PCA TSNE
标准化
聚类
KEGG富集分析
蛋白网络分析
发育轨迹分析
单细胞数据标准流程:
image单细胞转录组数据分析教程
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(七)-导入10X和SmartSeq2数据Tabula Muris
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(八)- Scater包输入导入和存储
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