CNVkit PermissionError: [Errno 1

使用CNVkit软做癌和癌旁配对样本CNV变异检测，使用的参考基因组文件是从GATK官网Resource bundle 下载ucsc.hg19数据

ucsc.hg19.dict_fasta_fasta.fai.png

CNVkit 运行命令

# CNVkit 运行命令
/usr/local/python3/bin/python3 /opt/software/cnvkit/cnvkit.py batch \
    $HOME/wes/align/1A.bqsr.bam \
    --normal $HOME/wes/align/1B.bqsr.bam \
    --method hybrid \
    --targets /opt/reference/Exome_Agilent_V5/Exome-Agilent_V5chr_Clinical.bed \
    --annotate /opt/software/cnvkit/refFlat.txt \
    --fasta /opt/reference/gatk_bundle_hg19/ucsc.hg19.fasta \
    --access /opt/software/cnvkit/data/access-5k-mappable.hg19.bed \
    --processes 12 \
    --output-reference $HOME/wes/cnv/cnvkit/1A_reference.cnn \
    --output-dir $HOME/wes/cnv/cnvkit \
    --drop-low-coverage \
    --scatter --diagram 

程序运行过程中总是报错 PermissionError: [Errno 13] Permission denied:

CNV报错1.png CNV报错2.png

查找解决的办法，没有很好的信息，可能是时间戳的问题，不懂，干脆用samtools faidx 重新建立参考基因组索引

samtools faidx ucsc.hg19.fasta

再次运行程序，顺利执行！