GEO文件 提取matrix 指针匹配

之前提到了matrix。。见https://www.jianshu.com/p/a7e298044746

GPL570 <- getGEO("GPL570",destdir = ".")

可能是指针那一步有问题所以是datatable是空的

那么，去geo网站直接下载对应的gpl
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi
（文件有点大，需要等等等……）

Anno570= read.table("GPL570-55999.txt",sep="\t",quote="",as.is=TRUE,header = TRUE)
#这里又卡了一会子，发现quote=""不能少。。。

提取出gene symbol，entrezid

probe-symbol-entrez

接着，转换成symbol做行名的matrix，完成！
需要做以下几步：

1. symbol 提取 /// 之前的那一个
2. 合并重复的symbol

关键代码如下

sym=dfbone2$symbol
sym2=vector(length=54675)
for(i in 1:54675){
  sym2[i]=strsplit(sym[i],split=' /// ')[[1]][1]
}#取了前一个symbol #45782  8893无symbol

#合并重复的symbol——求和
dfbone5=aggregate(dfbone4[,2:11],by=list(symbol=dfbone4$symbol),FUN="sum")#22880
rownames(dfbone5)=dfbone5$symbol

大功告成