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【生信基础】根据SRA号批量下载fastq文件的一种实现方法

【生信基础】根据SRA号批量下载fastq文件的一种实现方法

作者: Geekero | 来源:发表于2020-03-27 15:36 被阅读0次

一、思路分析:

百度一下,看看有没有没有现成的批量下载方法

二、查到的一种比较简介的可以直接下载fastq文件的方法

echo SRR1553608 > sra.ids
echo SRR1553605 >> sra.ids
# 利用sed和bash
cat sra.ids|sed 's/SRR/fastq-dump --split-files SRR/'|bash

三、根据项目编号下载整个项目的fastq文件

  • 到NCBI下载runinfo信息(更简单的方法是使用通过EDirect获取runinfo,但是发现这个安装总是不成功,所以用笨方法)
  • 导出后的runinfo信息,放到服务器中, 获取所有样本的SRR号

运行:

nohup cat sra.ids|sed 's/SRR/fastq-dump --split-files SRR/'|bash 2>&1 >log &

其实还能用多线程

运行:

time for i in SRR*; do pfastq-dump --split-3 --threads 12 -O pfastq_dump_result -s $i ; done

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