GWAS流程
材料选择
1.材料选择的基本原则
- 遗传变异和表型变异丰富；
- 群体结构分化不能过于明显，发生生殖隔离是不能做GWAS的，如亚种以上（亚种需单独进行GWAS，粳稻和籼稻）；
- 样本量足够（大于100）。
群体类型
- 种质资源材料（当前关联分析采用的主要材料）
- 包括自然群体材料、核心种质、微核心种质、农家种、骨干自交系、家养动物资源等；
- 遗传变异丰富，可以同时对多个性状进行分析；
- 群体结构复杂，稀有变异多，遗传信息丢失明显。
- 人工群体
- 包括F2、半同胞家系、动物远交群体、NAM群体、MAGIC群体和ROAM等群体类型。背景单纯，检测功效高，可以放大稀有变异；
- 通常用于关联分析的人工群体需要根据研究目的进行一定的设计构建；
- 遗传变异不够丰富，重组事件有限，低世代材料要达到较高的定位精度，需要较大的群体。
2.试验设计方法
- 基本原则：随机、重复、局部涉及；
- 环境因素：多环境试验（多年、多点）；
- 常用试验设计方法：随机区组设计、重复内分组设计、格子设计……
注意：各区组内小区环境一致，肥力、地势、光照等。
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