小豆豆因淘气被原学校退学后，来到巴学园。在小林宗校长的爱护和引导下，一般人眼里“怪怪”的小豆豆逐渐变成了一个大家都能接受的孩子。巴学园里亲切、随和的教学方式使这里的孩子们度过了人生最美好的时光。
《窗边的小豆豆》不仅带给全世界千万读者无数的笑声和感动，而且为现代教育的发展注入了新的活力，成为20世纪全球最有影响的作品之一。它不仅引起无数人共鸣，更在儿童教育的方式上，给成人提供了深刻的启示。
生态式教育的目标是生态。正如生态农业中，只有充分关注土壤、水分、温度等是否适宜，才能实现庄稼的丰收。在生态式教育中，若想求得学生智能的发展，必须要关注对学生其它相关方面的培养，如学生学习兴趣、好奇心和求知欲的培养，学生良好的心理素质和健康的身体素质的培养等等。
小林宗作校长的教育目标，引其原话就是“无论哪个孩子，当他出世的时候，都具有优良的品质。在他成长的过程中，会受到很多影响，有来自周围的环境的，也有来自成年人的影响，这些优良的品质可能会受到损害。所以，我们要早早地发现这些‘优良印品质’，并让它们得以发扬光大，把孩子们培养成有个性的人。”在巴学园中，处处体现了小林校长对教育的热忱和对学生的良苦用心。他重视学生知识的学习，更重视学生生活习惯、心理健康、社会情理等方面的塑造。这样，才可以培养出“完整的人”。
只有孤立的知识的人并不是一个智慧的人。生态式教育主张融合社会、科学、艺术、语言、健康等各个领域的因素，使各科知识在学生的头脑中进行联系，形成一种良好的生态关系。这就要求打破传统教育中各个学科各行其是，互不相连的状态，将它们融合在一个共生的生态系统中。
在巴学园中，每天的课程并没有固定的安排。而是在每天第一节课开始的时候，由老师把当天课程表上全部课程的问题都满满地写在黑板上，然后对学生们说：“好，就从你自己喜欢的那个题开始作吧!”这样，在学生充满乐趣的学习活动中，淡化了各个学科之间的区别，可以按照情况学到他们需要的知识。这种方式在充分发挥学生们的兴趣优势的同时，还可以使老师充分了解到学生们的兴趣所在和长处缺点等，无疑是教师了解学生的有效手段。
小林宗作校长与小豆豆初次见面的情形被视为经典。从校长一开始的态度，如“立即从椅于上站了起来”，“把椅子施到小豆豆跟前，和小豆豆面对面坐下来”一直到耐心的听小豆豆絮絮叨叨的讲了四个小时。这期间，校长一会儿笑，一会儿点头，一会儿又说：“还有呢？”直到后来爱讲话的小豆豆都没话好讲了。小豆豆不由得感到自己有生以来第一次碰上了真正可亲的人。因为小豆豆长这么大还从来没有人用这么长的时间来听自己讲话。而且在这么长时间里连一个呵欠也投打，丝毫也没有厌倦的表情。就像同小豆豆谈天一样探着身子非常认真的等她把话讲完。通过这初次的见面，让小豆豆感受到了校长对她的尊重，更让她开始喜欢校长，喜欢学校，喜欢上学。
除了师生之间的平等，巴学园中还照顾到了学生与学生之间的平等和相互尊重。典型的是泰明同学和高桥同学的例子。他们两个都是身体有些缺陷的孩子，小林校长用心良苦的想消除他们“与别人不同”和“不如别人”的感觉。通过不穿泳衣游泳让孩子们认识到“什么样的身体都是美的。”这样像泰明同学那样患有小儿麻痹症和有身材异常矮小的生理缺陷的孩子去掉其羞怯心理，进而也可能让他们不致产生自卑感。面对高桥同学腿短的缺陷，校长专门设计了利于他表现的运动会项目，使他将缺陷转换为优势，赢得了各个项目的冠军，让他有机会凭着自己的本事取得成功，让他能“感受到冠军的快乐”，并希望在他幼小的心灵里还没有因为身体不再长高而形成自卑感之前，“永远不要忘记夺取冠军的信心”。使高桥同学获得了学生们的尊重，更让他自己赢得了自尊。
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