USCS Xena

数据下载专题 | UCSC

• UCSC Xena是由加州大学圣克鲁兹分校(University Of Cingifornia Sisha Cruz，UCSC)维护的数据库，前身是癌症基因组浏览器Cancer Browser ,Cancer Browser目前已经不再更新.

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UCSC 官方网址：UCSC Xena

Xena收录了TCGA、GDC、ICGC、TARGET等多个数据库的公共数据，主页如下：

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红框1- Analysis 列出了Xena支持的数据分析功能

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数据下载

方法一

红框2- 点击Launch Xene 即可进入数据下载界面

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箭头指向的是右边所有勾选的data hub中的存储的数据，有122组，1534个数据集，可通过勾选自由选择想要查看的数据平台的数据。以 COAD 为例：

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TCGA 的 COAD 数据

包含：copy number (gene-level)、copy number segments、DNA methylation、exon expression RNAseq、gene expression array、gene expression RNAseq等多个层面的数据，

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比如 gene expression RNAseq，下面对应四种数据集，区别在于使用的实验平台或是对数据的处理方法，具体介绍可点击方框里的链接查看

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进去 IlluminaHiSeq, 界面如下：

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绿色方框 对应着.json的格式文件，可以自行打开查看

蓝色方框 对应着下载的数据的 基因名 和 样本名 ，如下

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黄色方框 的链接，进入 NCI(National Cancer Institue) ，which is part of the National Institutes of Health(NIH).

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下载的数据形式

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1、从上图链接下载对应的gene mapping数据打开如下：

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2、COAD 的gene expression下载完成后，打开如下：

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其他

帮助文档中给出了其他的下载方法数据下载

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数据的可视化分析

"VISUALIZATION" 对应着UCSC Xena 的可视化分析，

例子

可以发现通过移动鼠标，可以观察每个样本和对应探针的属性，按住鼠标拖动（横或竖），可以进行缩放。点击clear zoom 取消全部缩放， zoom out 撤回上一步缩放。当鼠标放在图片上，可以发现右下角有个三角，可以拖动进行放大。

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MGMT介绍: 化疗是治疗癌症的重要步骤之一，肿瘤对化疗的耐受是影响化疗结果的重要因素之一。DNA修复酶--O6-甲基鸟嘌呤DNA甲基转移酶（O6-methylguanine-DNA methytransferase，MGMT)在胶质瘤组织中的表达与肿瘤的耐药性相关，且MGMT基因启动子的甲基化状态是决定MGMT表达量的主要因素，并可能影响病人的化疗效果及其预后。

当我们自己想对某一数据集进行可视化分析：https://xenabrowser.net/heatmap/

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注 当我们添加数据时至少添加两列才可以进行分析，因为Xena的设计，需要有超过2种数据类型才能找到变化趋势。

添加自己的 data 到 Xena

如果以后需要将自己的数据添加到Xena中进行分析，可通过Xena提供的帮助文档，进行操作

https://ucsc-xena.gitbook.io/project/local-xena-hub/getting-started

学习视频

Xena 中提供了视频教学：https://ucsc-xena.gitbook.io/project/tutorials