bwa mem比对出现：skip orientation RF as there are not enough pairs

This is normal. The Illumina reads orientation is FR. 
You got majority FR and skipped other three.

mapping生成sam文件时出现[mem_sam_pe] paired reads have different names错误

方法一(这种方法我在使用后依旧报错)：

bbrename.sh in1=read1.fq in2=read2.fq out1=renamed1.fq out2=renamed2.fq
#To install this package with conda run one of the following: conda install -c bioconda bbmap

对于多个fq文件，可以用以下命令：
while read line
do
      nohup bbrename.sh in=${line}_R1.fq in2=${line}_R2.fq out=${line}_R1.sh.fq out2=${line}_R2.sh.fq &    
done < name.txt #####其中，name.txt指的是包含sample名字文件

方法二 使用repair.sh进行修复：(使用这种方法后fastq文件变小，可能是合并部分文件造成的。
此外， fastq.gz也可以，另外就是记得输出文件要和源文件命名不同，以防覆盖。

while read line
do
      nohup repair.sh in=${line}_R1.fastq in2=${line}_R2.fastq out=${line}_R1.sh.fastq out2=${line}_R2.sh.fastq &    
done < name.txt