Linux命令 | cat

cat（是 concatenate 的缩写）命令

用于连接文件并打印到标准输出设备上

详细说明：cat 命令的功能是将文件或标准输入组合输出到标准输出。这个命令常用来显示文件内容，或者将几个文件连接起来显示，或者从标准输入读取内容并显示，它常与重定向符号配合使用。

用法及参数如下：

$cat --help
Usage: cat [OPTION]... [FILE]...
Concatenate FILE(s), or standard input, to standard output.

  -A, --show-all           equivalent to -vET #等价于 -vET
  -b, --number-nonblank    number nonempty output lines, overrides -n #和 -n 相似，只不过对于空白行不编号
  -e                       equivalent to -vE #等价于"-vE"选项
  -E, --show-ends          display $ at end of each line #在每行结束处显示 $
  -n, --number             number all output lines #由 1 开始对所有输出的行数编号
  -s, --squeeze-blank      suppress repeated empty output lines #当遇到有连续两行以上的空白行，就代换为一行的空白行
  -t                       equivalent to -vT #等价于 -vET
  -T, --show-tabs          display TAB characters as ^I #将 TAB 字符显示为 ^I
  -u                       (ignored) #被忽略
  -v, --show-nonprinting   use ^ and M- notation, except for LFD and TAB #使用 ^ 和 M- 符号，除了 LFD 和 TAB 之外
  --help     display this help and exit #展示帮助选项并退出
  --version  output version information and exit #输出版本号信息并退出

With no FILE, or when FILE is -, read standard input.

Examples:
  cat f - g  Output f's contents, then standard input, then g's contents.
  cat        Copy standard input to standard output.

cat命令的三大功能：

1、一次显示整个文件内容

$cat filename

2、从键盘创建一个新文件，不能更改已有文件

$cat > filename

3、将几个文件合并成一个文件

$cat file1 file2 > mergefile
$zcat test1.fastq.gz test2.fastq.gz …… > total.fastq.gz
#直接cat再合并也可以，最后的结果和zcat一样
$cat test1.fastq.gz test2.fastq.gz …… > total.fastq.gz

tac 是将 cat 反写过来，所以它的功能就跟 cat 相反，cat 是由第一行到最后一行连续显示在屏幕上，而 tac 则是由最后一行到第一行反向在屏幕上显示出来

用法及参数：

Usage: tac [OPTION]... [FILE]...
Write each FILE to standard output, last line first.
With no FILE, or when FILE is -, read standard input.

Mandatory arguments to long options are mandatory for short options too.
  -b, --before             attach the separator before instead of after #将分隔符安装在之前而不是之后
  -r, --regex              interpret the separator as a regular expression #将分隔符解释为正则表达式  
  -s, --separator=STRING   use STRING as the separator instead of newline #使用STRING作为分隔符而不是换行符  
  --help     display this help and exit #展示帮助选项并退出
  --version  output version information and exit #输出版本号并退出

#zcat查看压缩文件最后一行是否有换行符
#gz压缩文件：输出为1表示有换行，输出为0表示无换行
zcat DRR138629_1.fastq.gz | tail -1 | wc -l
#仅仅是fastq文件：输出为1表示有换行，输出为0表示无换行
tail -1 DRR138629_1.fastq | wc -l
#提取fastq.gz文件中一个单元的第一二行
zcat DRR138627_41_total.fastq.gz | awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' > DRR138627_41_total.fasta

>NS500460:4:H13G4BGXX:1:11102:10658:8619 1:N:0:3
CCTTAATCAGGATCAATGCCTTTTCGGGCTTATCACAGATCACTGTGGCAATCTCAGCTTTGTTGATAATGTATTT
>NS500460:4:H13G4BGXX:1:11102:3954:8619 1:N:0:3
GTCCACATTCAGATTTTCCCAGGAAGAAACGCCTCGTGTGCCAGTCCAGATGCTGATTGAAAAGCCAGCCCCCAGG

总之，一句话：查看gz文件用zcat test.fastq.gz | head -20，查看fastq文件用head。

#返回系统语言
echo $LANG
#设置系统语言为中文
LANG=zh_CN.UTF-8
#设置系统语言为英文
LANG=en_US.UTF-8
#查看系统语言
date