自身免疫性疾病这一节可能是本书中我最不愿意讨论的部分，因为对这些疾病的讨论确实超出了我的能力。所谓自身免疫性疾病，就是那些免疫系统攻击自身组织引起的疾病。种类极多，从您较熟悉的如类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮、肾炎、甲亢到您不太熟悉的如多发性大动脉炎、自身免疫性睾丸炎等等，全身各器官系统几乎都可以发生自身免疫性疾病。
我实在搞不明白，我们的身体怎么了?为什么免疫系统对身体自己的成分不认识了。本来免疫系统的作用是一方面消灭从外界侵入人体的有害物质，如细菌、病毒等，另一方面是消除身体内衰老的或死掉的自身的组织。
要做到这两方面，它首先需要具备的能力就是先得“分清敌我”，搞清楚哪些是自己的健康的东西，哪些是有害物质。而且这种能力几乎是免疫系统与生俱来的能力，因为在胚胎时期，在免疫系统形成过程中，这种能力就已经具备了。这样的能力不太容易乱的。如果主要问题不在免疫系统，那就得从身体各组织器官找原因了。
我们身体很多器官中的一些成分是不与免疫系统接触的，比如软骨、甲状腺腺泡内储存的胶样物质、睾丸内的生精上皮、细胞膜以内的细胞成分，尤其是健康的活的细胞核内的成分，都是不与免疫系统接触的。
另外，上皮组织也有潜在危险，因为上皮细胞会产生一些物质，这些物质不与免疫系统接触，而是直接排到体外或空腔脏器的腔内。由于某种原因，这些物质与免疫系统接触了，就有发生自身免疫性疾病的危险。比如外伤破坏了睾丸组织的严密性，导致免疫系统与那些不该接触的成分接触了，就会引发免疫系统攻击睾丸，导致自身免疫性睾丸炎的发生。在对甲亢患者的病因分析时，医学典籍上讲了一个笔者认为很重要的信息，虽然这些典籍上并没有对它进行什么探讨，而只是轻描淡写地一带而过。这个信息就是很多甲亢患者在发病前都有精神紧张、激动或较强烈精神打击的历史。不要小看这条信息，因为它可以解释为什么自身免疫性疾病女性比男性多很多倍。另外系统性红斑狼疮和类风湿性关节炎等很多自身免疫性疾病的患者在发病前也都有巨大的精神压力和严重的精神打击的历史。
所以关于自身免疫性疾病确切的发病过程和发病原因，目前还是讨论不清，搞不清是先有损伤后免疫系统进一步跟进，还是先是免疫系统乱了导致自身组织的损伤。这样越讨论您越会发现到我的无能。所以我们换个内容，来看看这些病所导致的是什么样的损伤，有没有解决办法。这个问题就简单多了，因为几乎所有的自身免疫性疾病都是以血管炎为基础的一类损伤。
这样的病变对于营养医学来讲，解决起来并不是难题。因为营养素，尤其是蛋白质、维生素B、维生素C、钙等，对于血管的修护非常有效，可以快速使血管炎消退。另外营养素也可以使免疫系统更加正常的运转，使可能暴露的那些免疫系统接触不到的抗原尽快重新被封闭。因此即使不清楚自身免疫性疾病的病因和发病机制，我们仍在恢复健康自身免疫性疾病上有很大胜算。
尽管今天的教科书把强直性脊柱炎列为自身免疫性疾病，笔者仍认为这是不恰当的。纤维化是可以扩展的，而纤维化的形成只需要有长期慢性损伤就可以了。强直性脊柱炎不过是在慢性损伤基础上发生的纤维化。调理如果能从两方面入手效果会极理想，可以恢复健康。一方面是消除慢性损伤，而另一方面是将增生的纤维松解吸收。这两方面的调理都有赖于营养素的支持
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