从NCBI中GEO profiles中获取差异调控芯片数据。

从NCBI中GEO profiles中获取以上基因对应的差异调控芯片数据。

以拟南芥为例：

1）以基因ID在GEO

profiles数据库中搜索，发现AT1G78560有108个实验数据；AT2G26900有96个实验数据；AT3G25410有86个实验数据；AT3G56160有82个实验数据；AT4G12030有92个实验数据；AT4G22840有88个实验数据。

2）选择同一个实验进行分析：

实验名称：Leaf Response toAphid Feeding

Reporter:：GPL198,266857_at (ID_REF),GDS2523,其中Control实验编号：GSM157300、GSM157302、GSM157304。Aphid Feeding实验编号 GSM157299、GSM157301、GSM157303。

3）下载GDS2523DateSet full SOFT file，提取6个BASS基因数据。

4）用Tbtools重新画热图进行分析。

通过热图我们可以发现，在对照组和实验组拟南芥叶片中，6个基因都有表达，但是AT2G26900优势表达。在受到蚜虫侵食时，6个基因的表达似乎受影响不大。

5）考虑到BASS参与钠离子运输的调控，继续搜索有关盐胁迫的实验。找到一个题为：Salt stress effect on multiple genotypes: leaf。Reporter: GPL198, 263132_at

(ID_REF), GDS3927。

下载GDS3927DateSet full SOFT

file 提取6个BASS基因数据，重复第四步。

其中实验信息如下：

GSM420232 = Valuefor GSM420232: Ws_leaf_0mM NaCl_rep1; src: Ws plant, 0mM NaCl, 6 d

GSM420233 = Valuefor GSM420233: Ws_leaf_0mM NaCl_rep2; src: Ws plant, 0mM NaCl, 6 d

GSM420234 = Valuefor GSM420234: Ws_leaf_100mM NaCl_rep1; src: Ws plant, 100mM NaCl, 6 d

GSM420235 = Valuefor GSM420235: Ws_leaf_100mM NaCl_rep2; src: Ws plant, 100mM NaCl, 6 d

GSM420236 = Valuefor GSM420236: Col_leaf_0mM NaCl_rep1; src: Col plant, 0mM NaCl, 6 d

GSM420237 = Valuefor GSM420237: Col_leaf_0mM NaCl_rep2; src: Col plant, 0mM NaCl, 6 d

GSM420238 = Valuefor GSM420238: Col_leaf_100mM NaCl_rep1; src: Col plant, 100mM NaCl, 6 d

GSM420239 = Valuefor GSM420239: Col_leaf_100mM NaCl_rep2; src: Col plant, 100mM NaCl, 6 d

GSM420240 = Valuefor GSM420240: Col(gl)_leaf_0mM NaCl_rep1; src: Col(gl) plant, 0mM NaCl, 6 d

GSM420241 = Valuefor GSM420241: Col(gl)_leaf_0mM NaCl_rep2; src: Col(gl) plant, 0mM NaCl, 6 d

GSM420242 = Valuefor GSM420242: Col(gl)_leaf_100mM NaCl_rep1; src: Col(gl) plant, 100mM NaCl, 6d

GSM420243 = Valuefor GSM420243: Col(gl)_leaf_100mM NaCl_rep2; src: Col(gl) plant, 100mM NaCl, 6d

通过热图我们可以发现对照组同第4步结果一样AT2G26900在拟南芥叶片中优势表达。盐胁迫条件下，AT3G56160表达明显下调，其他基因亦有下调趋势。表明这些基因可能参与植物钠离子的响应。