美文网首页
随笔 | 推荐了解 | 一款持续更新了30多年的基因预测软件 -

随笔 | 推荐了解 | 一款持续更新了30多年的基因预测软件 -

作者: 生信石头 | 来源:发表于2023-12-23 23:05 被阅读0次

    最近做基因组数据分析多一些,这个是自然,现在可能三五万就可以轻松搞定一个常规基因组(1G以下二倍体),后续可以分析,或者需要分析的内容有很多,可以挖掘的故事也很多。自然而然也开始关注一些相关分析软件。
    无意间看到了 GeneMark!
    感慨,这个团队太牛~
    简单列一下一款软件的30年更新,与大伙共赏。
    1993 GeneMark GeneMark: parallel gene recognition for both DNA strands

    1998 GeneMark. hmm: new solutions for gene finding

    1998 GeneMark-Genesis How to interpret an anonymous bacterial genome: machine learning approach to gene identification.

    2001 GeneMarkS: a self-training method for prediction of gene starts in microbial genomes. Implications for finding sequence motifs in regulatory regions

    2005 GeneMark: web software for gene finding in prokaryotes, eukaryotes and viruses

    2014 GeneMark-ET Integration of mapped RNA-Seq reads into automatic training of eukaryotic gene finding algorithm.

    2015 GeneMarkS-T Identification of protein coding regions in RNA transcripts

    2020 GeneMark-EP and-EP+: automatic eukaryotic gene prediction supported by spliced aligned proteins

    2020 GeneMark-EP+: eukaryotic gene prediction with self-training in the space of genes and proteins

    2021 GeneMark-HM: improving gene prediction in DNA sequences of human microbiome

    2023 GeneMark-ETP: Automatic Gene Finding in Eukaryotic Genomes in Consistence with Extrinsic Data

    整理完发表的论文文稿,我发现软件官网也有自己的列表,感兴趣的朋友也可以看看

    http://exon.gatech.edu/genemark/references.html
    

    写在最后

    有时候,锚定一个事情的人,太强。与大伙共勉~

    相关文章

      网友评论

          本文标题:随笔 | 推荐了解 | 一款持续更新了30多年的基因预测软件 -

          本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/umbcndtx.html