美文网首页
【RNA-seq自学01】conda

【RNA-seq自学01】conda

作者: Brickvstar | 来源:发表于2020-07-05 01:17 被阅读0次

    conda像是手机上的应用商店,可以下载安装Linux系统上的各种软件。

    Bioconda是conda软件包管理器的一个镜像,专门从事生物信息学软件。

    Miniconda是最小的conda安装环境。

    miniconda的下载安装

    进入miniconda的官网Miniconda — Conda  documentation,找到Miniconda3 Linuxl 64-bit,右键复制链接,在Linux命令行中用wegt命令下载。

    miniconda的下载:

    wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

    miniconda的安装:

    bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

    激活配置:【source ~/.bashrc】

    清华镜像(可以使下载速度大大加快):

    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free

    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge

    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

    conda config --set show_channel_urls yes

    conda的使用方法:

    查找软件【conda search ABC

    安装软件【conda install ABC】默认为最新版本

    conda的升级方法【conda upgrade -all】

    推荐:软件tree(可以使文件以树状结构呈现~)

    下载:装好了miniconda之后,可以直接使用conda来下载【conda install tree】

    使用:到目标目录的上一级目录下【tree EF

    Linux文件的树状结构

    相关文章

      网友评论

          本文标题:【RNA-seq自学01】conda

          本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/urrmqktx.html