## SNP在世界地图上的频率分布

SNP在世界地图上的频率分布

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陈文燕 bio生物信息 2018-12-28

SNP在世界的频率分布可以查看NCBI，千人基因组数据，ExAC等等。但是对于部分人的需求，可能是直接画出在世界范围内的分布，而不是只查看某个群体的频率，这个时候就需要自己画图或者借住已经存在的网站了。

下面简单介绍两个网页工具。

1、第一个是Geography of Genetic Variants Browser，简称GGV。

其界面如下：

image

这个网站包含很多个数据库的变异（SNP+INDEL），样本量大，因此画出来的图比较好看。常见的输入格式有：rsID,chr:pos,比如 :

• chr1:742429

• 1:742429

• rs3094315

网址地址：https://popgen.uchicago.edu/ggv/

2、第二个工具是HGDP

个人感觉画出来有点丑。。都是同一所大学开发出来的。

常见的输入格式可以是：基因，chr:pos1-pos2, 如下所示：

SLC24A5

Chr9:660,000..760,000

KITLG

其界面如下：

image image

需要声明的是，这个网站是很久以前开发的，历史比较久远。而且近期发现的变异在这个网站上也是找不到的。还有一点的是，土黄配深蓝，真的是出奇的丑，个人真心不喜欢。 当然，你也可以两个网站都试试，看看喜欢哪个就用哪个。

网址地址：http://hgdp.uchicago.edu/cgi-bin/gbrowse/HGDP/