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基因芯片基础知识

基因芯片基础知识

作者: 陈洪瑜 | 来源:发表于2019-01-09 22:25 被阅读21次

    探针组:来自于一个基因,通常由20对或者11对探针组成,每一探针对又分为匹配探针PM和错配探针MM

    探针

    DAT文件:荧光信号图像文件

    CEL文件:只提供提供每个探针的灰度信息,是基因芯片分析的最原始数据。自cellheader开始,包含5列信息,依次为X坐标、Y坐标、灰度的平均值、灰度的标准差以及用了多少个像素来求这个平均值。

    CDF文件:指定基因芯片探针排布的信息(即指定CEL文件中哪个探针来自于哪个探针组)

    Probe文件:提供探针的序列信息

    文件关系

    eSet:是Bioconductor为基因表达数据格式所定制的标准

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