安装时间：2021.1.26
 
常用次生代谢产物预测软件：
antiSMASH
PRISM

1. 简介

    antiSMASH基于聚类检测，通过核心生物合成酶来鉴定45种不同类型的次级代谢产物合成途径。使用内置的ClusterBlast算法，将识别的目标簇与antiSMASH数据库中已知簇进行比较。

2. 安装

2.1 创建并进入安装的基本环境

conda create -n antismash_5.2.0 python=3.7  #实际下载python=3.7.9
conda activate antismash_5.2.0

2.2 借助conda环境安装依赖包

conda install hmmer2 hmmer diamond fasttree prodigal blast muscle glimmerhmm
conda install meme=4.11.2 #官方文档建议安装版本

2.3 下载并安装antismash_5.2.0

wget https://dl.secondarymetabolites.org/releases/5.2.0/antismash-5.2.0.tar.gz
tar -zxf antismash-5.2.0.tar.gz
pip install ./antismash-5.2.0

2.4 下载相应数据库

download-antismash-databases

注：
① 如下载失败，可安装较低版本得biopython，方法见踩坑。
② 如数据库下载太慢，可以参考：周亮亮博客。

2.5 验证antiSMASH是否安装成功

antismash --check-prereqs

只要出现"All prerequisites satisfied"即安装成功。

3. 使用

antismash --cb-general --cb-knownclusters --cb-subclusters --asf --pfam2go --smcog-trees --genefinding-gff3 文件a.gff 文件b.fa

注意：
① 可以直接使用.gbk格式的文件。
② 文件b为完整的基因组序列。

4. 踩坑之旅

4.1 第一次安装

利用conda安装，好家伙，直接失败。

4.2 第二次安装

• 过程：
  由于conda直接安装失败，于是按照官方文档，利用conda环境辅助安装依赖包，然后安装antismash。
• 失败：
  blast=2.60 python版本要求
  用conda创建的环境，python=3.8.5，对于官方测试的依赖包blast=2.60版本过高。
• 解决办法：
  按照官方文档已测试的版本，建立python=3.5.3的环境重新安装。

4.3 第三次安装

• 失败：
  meme=4.11.2 python版本要求
  blast=2.6.0可以安装上了，但是安装meme=4.11.2时，python版本又不合适了。
• 解决办法：
  安装python=3.6总可以了吧！

4.4 第四次安装

• 失败1：
  在下载数据库时出现：
  数据库下载问题
• 解决办法1：
  降低biopython的版本

pip3 uninstall biopython
pip3 install biopython==1.76

• 失败2：
  数据库下载完成后，在最后一步验证时出现以下问题：
  我也不知道哪个地方出了问题
• 解决办法2
  根据周亮亮博客的方法，安装antiSMASH_5.1.2。

4.5 第五次安装

• 失败：
  创建python=3.6后继续安装，在最后一步出现以下问题：
  我又不知道哪里出了问题
• 解决方法：
  直接从github上找到了正确的安装方法

5. 安装经验总结

• 根据可以百度到的具体成功安装实例进行安装，在时间上最好是就近的，选择好之后，就全程照着去做。
• 两次尝试失败之后，需要从官方的安装文档入手。
• 如果按照官方的文档安装仍然失败，可以在github网站上查找相关的软件网页，通常会有软件的作者进行解答。