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深度解读细胞 STR 鉴定报告

深度解读细胞 STR 鉴定报告

作者: Seurat_Satija | 来源:发表于2022-02-20 21:44 被阅读0次

内容简介

短串联重复序列 (short tandem repeat,STR),也称微卫星 DNA(micro satellite DNA),是指以少数几个核苷酸(1~6 个,或者更多)为单位多次串联重复的 DNA 序列(序列通常重复 5~50 次)。比起其他 DNA 序列来,这些序列具有更高的突变率,从而带来了高度的基因多样性。

STR 具有种属特异性、适合于复合扩增、降解、微量样品的检测等特性,使其在人类基因组遗传图谱的制作,癌症诊断,亲缘关系分析,法医学个体识别等领域都得到了广泛的应用。

如何分析:

设计 STR 序列引物——利用荧光定量 PCR 仪,扩增 STR 序列——与已知数据库进行比对,分析。

举例说明:

在获得测序峰图之后,每个 STR 位点会有 2 个数字,代表的是具有该序列重复的数目(其中有一个 AM 是性别位点,测出的结果是 X,X 或者 X,Y)。

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(图 1. 测序结果示例)


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(图 2. 数字示意该位点的重复数目)

2. 进入:**https://www.dsmz.de/services/services-human-and-animal-cell-lines/online-str-analysis.html **将每个数字输入系统中:

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(图 3.STR 序列比对界面)

点击「go STR analysis」

出现比对结果:

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(图 4.STR 序列比对结果)


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(图 5.STR 序列 EV 值示意图)

当 EV 值,在 0.8 以上时, 可认为待测样本跟数据库的标准序列具有亲缘关系。

常见问题(FAQ):

Q:为什么报告内最终结论,会出现匹配不上任何已知数据情况?
A:最大的可能性是因为这株细胞的标准序列并没有收录在国际的细胞库之中,导致送检样本与任何的序列都不匹。出现这种情况大多数是因为该细胞系,可能是由国内课题组自主建系的。

Q:国内有类似的 STR 标准数据库吗?
A:是有的,这个是协和医院官方建立的一个国家实验细胞资源共享平台http://www.cellresource.cn / 在里面约会收录一些国内自主建系的细胞的标准序列。

Q:是不是应该定期做鉴定呢?
A:我们建议一到两个月,对所实验室常用的细胞做一次鉴定。以确保没有出现细胞交叉污染的情况。

Q:对于 STR 位点引物设计有什么要求吗?
A:人物的设计其实很简单,并且很容易使用。但是由于这个位点的选择和优化。是非常枯燥,并且耗时耗力的工作。建议由专业的服务方进行设计和合成。

Q:除了检测人源的细胞株可以检测其他动物的细胞,或者原代细胞吗?
A:技术上是可以检测的。但是鼠源细胞在结果上跟人源细胞有明显的区别。鼠源一个 STR 位点会出现上百个重复,只能证明待测样本不是人缘的样本。但是属于小鼠的具体哪一种细胞株,无法确定,因此也不能排除鼠源细胞之间出现交叉污染的可能。
至于人的原代细胞,由于国际上的数据库里面没有收录原代细胞标准序列,最终的检测结果也是匹配不上任何的已知序列的。

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