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如何使用Circos-7:heat map 简单配置

如何使用Circos-7:heat map 简单配置

作者: 思考问题的熊 | 来源:发表于2018-02-11 17:16 被阅读170次

    说明,该系列原文写于2016年3月。

    如何使用Circos(5)我们曾介绍了柱状图的简单配置,这一部分我们将介绍2D Data Tracks中常用的另一种形式:Heat map 的简单配置方法。

    例1:heat map

    ​~~~
    
    <plot>
    # 热图和柱状图展示的内容可以说基本一致,只是展示的方法不同。
    # 首先要介绍的是颜色选取规则:我们需要首先设定value的最大和最小值,且假设你所选取的颜色list有N个颜色。
    # 如果是线性的 heat map计算方式如下:
    # f = (value - min) / ( max - min )
    # n = N * f
    
    <plot>
    type = heatmap #和柱状图类似,写清展示类型
    file = data/5/segdup.hs1234.heatmap.txt
    r1 = 0.89r
    r0 = 0.88r
    
    # 颜色的选取有多种参考依据
    # Brewer palletes (see etc/colors.brewer.lists.conf) as
    # N-step hue (hue-sN, e.g. hue-s5 =hue000,hue005,hue010,...)
    # N-color hue (hue-sN, e.g. hue-3 =hue000,hue120,hue140).
    
    color = hs1_a5,hs1_a4,hs1_a3,hs1_a2,hs1_a1,hs1
    # a代表颜色的透明度
    
    # 如果是非线性 heat map,使用如下方式进行计算:
    # n = N * f**(1/scale_log_base)
    # ?
    # When scale_log_base > 1 the dynamic range for values close to min is expanded.
    # When scale_log_base < 1 the dynamic range for values close to max is expanded.
    
    scale_log_base = 0.25
    #改为1.25后的效果可以参考example7中的circos1.png
    
    <rules>
    <<include rule.exclude.hs1.conf>>
    </rules>
    
    </plot>
    
    ​~~~
    
    

    图例


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