SAM格式

从1开始数=SAM，GFF，Wiggle
从0开始数=BAM，BED，PSL

@HD：首行
VN*：版本号
SO：排序，unsorted，coordinate。coordinate的排序主键是RNAME，次要排序键是POS
@SQ：染色体
SN*：染色体名字
LN*：长度
AS：基因组装配标识
SP：species
@RG：reads，可以多个@RG
ID*：read标识
CN：测序中心提供的read名
DS：description
DT：date
LB：library
PG：program
PL：platform
SM：sample

第一列：
QNAME

第二列：
FLAG

Bit	Description
1	read是pair中的一条（read表示本条read，mate表示pair中的另一条read）
2	pair一正一负完美的比对上
4	片段未比对上
8	mate没有比对上
16	这条read反向比对
32	mate反向比对
64	这条read是read1
128	这条read是read2
256	第二次比对
512	没有通过质量控制
1024	read是PCR或光学副本产生
2048	辅助比对结果

解读FLAG小工具：
https://www.samformat.info/sam-format-flag
The reads with flag 0 are mapped to the forward strand, and the reads with flag 16 are mapped to the reverse strand. However, the reads with flag 4 are unmapped.

筛选reads参数

-f 留下的reads，-F 过滤掉的reads
1) 自己没比上，另一端比上的
samtools view -u -f 4 -F 264 file.bam > file.type1.bam
2) 自己比上了，另一端没比上的
samtools view -u -f 8 -F 260 file.bam > file.type2.bam
\#1)和2)出来的结果互相成对，数量一样，1)出来的是没比上的那一半，2)出来的是比上的那一半
3) 两端都比上的
samtools view -u -F 12 file.bam > file.type3.bam
4) 两端都没比上的
samtools view -u -F 8 file.bam > file.type4.bam

第三列：
RNAME

第四列：
POS，1-base

第五列：
MAPQ

第六列：
CIGAR

Op	BAM	Description
M	0	比对匹配(可以是序列匹配或不匹配)
I	1	插入到参考
D	2	从参考删除
N	3	参考的跳过的区域
S	4	软剪切(被剪切的序列存在于序列中)
H	5	硬剪切(被剪切的序列不存在于序列中)
P	6	填充(从填充引用中无声删除)
=	7	序列匹配
X	8	序列不匹配

H 值出现在最初或者最后操作中

√ S 可证在他们和CIRAG末尾字符串中只有H操作
√ 对于mRNA到基因组的比对，一个N操作符代表内含子。对于其他类型的比对，没有定义N的解释。
√ M/I/S/=/X操作的长度之和等于SEQ的长度

第七列：
RNEXT
mate比对到的染色体号，若是没有mate，则是*

第八列：
PNEXT

第九列：
TLEN
如果R1端的read和R2端的read能够mapping到同一条Reference序列上（即第三列RNAME相同），则该列的值表示第8列减去第4列加上第6列的值，R1端和R2端相同id的reads其第九列值相同，但该值为一正一负，R1文件的reads和R2文件的reads，相同id的reads要相对来看。在进行该第列值的计算时，如果取第6列的数值，一定要取出现M的值，S或H的值不能取

第十列：
SEQ

第十一列：
QUAL
碱基质量加33的ASCII码

对他内容：
。。。