用Aspera软件下载SRR数据

SRA数据库

SRA（Sequence ReadArchive）数据库是用于存储二代测序的原始数据，包括454，Illumina，SOLiD，IonTorrent，Helicos 等，SRA数据可以分为Studies，Experiments，Samples，Runs四类。SRA数据库中用不同的前缀加以区分四类数据： ERP或SRP表示Studies数据，SRS 表示 Samples数据，SRX 表示 Experiments数据，SRR 表示 Runs数据。下面以SRR数据为例，展示如何用Aspera软件进行快速下载数据。

Linux下安装Aspere

使用wget命令，输入以下网址下载Aspera软件包：

wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.6.2/aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.tar.gz

解压缩：

tar -zvxf aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.tar.gz

安装：

sh aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.sh

Aspera安装
#安装只能在普通用户下进行

查看是否安装成功：

~/.aspera/connect/bin/ascp -h

下载SRR数据

获取下载地址：

根据所需数据的accession no.，浏览器进入NCBI的FTP服务器，找到所需的数据 。这里以SRR6208854为例：

NCBI的FTP服务器中获取下载地址
复制图中SRR6208854.sra的链接地址：
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR6208854/SRR6208854.sra

将FTP地址改为：(只有黑体加粗部分不同)

anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/srainstant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR6208854/SRR6208854.sra

运行Aspera：

~/.aspera/connect/bin/ascp -T -i /home/hqw/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -l 200m anonftp@ftpprivate.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/srainstant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR62088 54/SRR6208854.sra ./
结果如下:

运行Aspera下载文件
有时因为网络等问题会导致下载失败（如图所示），待网络情况恢复良好重新尝试即刻。

参数说明：

-T ： 不进行加密
-i： string 输入私钥，安装 aspera 后有在目录 ~/.aspera/connect/etc/ 下有几个私钥， 使用 linux 服务器的时候一般使用 asperaweb_id_dsa.openssh 文件作为私钥
-l： string 设置最大传输速度
-k 1： 支持断点续传
--host=string ： ftp的host名，NCBI的为ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov；EBI的为 fasp.sra.ebi.ac.uk