【R】getGEO运行报connection buffer错误

最近在运行GEOquery包中的getGEO函数读取series_matrix.txt文件的时候报了如下错误。

从报错的具体信息来看，应该说的是链接缓存131072不够大。

# Error: The size of the connection buffer (131072) was not large enough
# to fit a complete line:
#   * Increase it by setting `Sys.setenv("VROOM_CONNECTION_SIZE")`

并且还给出了解决方案，让我们通过Sys.setenv("VROOM_CONNECTION_SIZE")来将这个缓存设置的大一些。通过一些尝试，最后终于能顺利的将series_matrix.txt读入到R里，下面就将具体的解决方案分享给大家。

Sys.setenv("VROOM_CONNECTION_SIZE"=131072*6)

或者更简单粗暴一些，将这个值设置的很大

Sys.setenv ("VROOM_CONNECTION_SIZE"=99999999)

然后再去运行前面的getGEO函数就没有问题了。

如果对GEO数据库还不太了解的小伙伴，可以参考我们前面的一些视频讲解和干货文章。

1. GEO数据库数据检索方法（一）

2. GEO数据库数据检索方法（二）

3. GEO数据库数据页面介绍（三）

4. 零代码差异表达分析工具：GEO2R

5. 零代码差异表达分析——手把手带你GEO实战

其实这个解决方案也是小编从网上找到的，现在网络这么发达。你遇到的问题，很大概率别人早就遇到过，所以网上多半会有很多热心的小伙伴分享他们的解决方案。小编也是出于这个考虑，所以将这个解决方案分享给更多的人，希望可以对大家有所帮助。