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2020-06-24 Mrbayes 安装及运行

2020-06-24 Mrbayes 安装及运行

作者: 热爱大自然的小和尚 | 来源:发表于2020-06-24 11:42 被阅读0次

    Mrbayes install on linux

    1. 安装brew
      • brew 的官方文稿说的是直接到github 上下载install.sh来安装,但是由于众所周知的原因,我们在访问github的时候经常下载失败,所以我把github上的brew install 仓库克隆到了我的gitee仓库,安装可以快很多
      git clone https://gitee.com/Shaolin_Xu/brew_install
      
      • 然后执行以下代码:
      sh <PATH_to_brew_install>/install.sh
      brew install openmpi
      
    2. 下载mrbayes源代码
      1. Mrbayes下载网址
    3. 安装Mrbayes
      1. 下载完成后,进入mrbayes路径
      2. 我们前面安装的openmpi是为了可以多核并行,因此我们在configure的时候可以加上一个option --with-mpi-yes
      3. 安装:
      ./configure --with-mpi=yes
      make 
      sudo make install  ##这一步需要root权限
      
    4. 使用mrbayes
      1. mpirun -np 核心数目 mb

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