2021-05-25记录一个beagle使用过程中的坑

作者: AsuraPrince | 来源:发表于2021-05-26 10:19 被阅读0次

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对816个样品的SNP的VCF进行impute，首先上beagle，遇到了上个贴子说的各种内存不足问题，然后换tassel进行impute依旧不行，中间耗时小一周。

指导选择放弃，直接用plink进行过滤SNP，获得过滤后的vcf，才能直观看到各个样品在各SNP的情况，发现某几个样品确实很多很多的SNP，突发奇想莫非是因为这几个样品导致impute工作量巨大。

所以通过plink 的mind 0.2 参数过滤到极端缺失的样品后，再次尝试beagle进行impute，竟然可以了，又快又好。

所以在impute之前要不先plink一下样品，

以后采取一下步骤：plink （样品）-beagle（impute）-plink（SNP)

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