运行STAR时遇到的错误

作者: 王梓维 | 来源:发表于2020-09-16 19:31 被阅读0次

    在开始对比时,使用如下参数

    STAR \
        --genomeDir STAR \
        --runThreadN 39 \
        --readFilesIn /raid1/wzw/Ensete/hisat/Ensete_RNA_1.fq /raid1/wzw/Ensete/hisat/Ensete_RNA_2.fq \
        --readFilesType Fastx\
        --outFileNamePrefix ECLrna_ \
        --outSAMtype BAM SortedByCoordinate \
        --outBAMsortingThreadN 39 \
        --outSAMstrandField intronMotif \
        --outFilterIntronMotifs RemoveNoncanonical
    

    出现如下错误
    BAMoutput.cpp:27:BAMoutput: exiting because of OUTPUT FILE error: could not create output file ECLrna_STARtmp//BAMsort/8/80
    SOLUTION: check that the path exists and you have write permission for this file. Also check ulimit -n and increase it to allow more open files.

    阅读错误发现应该是bamsort的时候会使用大量进程,导致超过了最大线程数调整--outBAMsortingThreadN 参数到5

    --outBAMsortingThreadN 39 
    

    终于正常运行了

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