GATK4 SelectVariants ——vcf文件提取SN

在生成raw vcf后，进行SNP和indel提取，便于后续分析。
GATK4——gVCF转VCF - 简书 (jianshu.com)

输入文件：

• 参考基因组
• vcf文件

1. 提取SNP

$ gatk SelectVariants \
        -R ~/ref/Mparg_v2.0.fa \
        -V LPF1_MP.vcf.gz \
        -selectType SNP \
        -o LPF1_MP_raw_snps.vcf

报错：A USER ERROR has occurred: -selectType is not a recognized option

查了一下资料，不同版本的gatk提取SNP和indel的命令不同。

各版本GATK的说明书，大家可以根据自己的GATK的版本查看命令：
https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/categories/360002369672-Tool-Index

修改如下：

$ gatk SelectVariants \
     -R ~/ref/Mparg_v2.0.fa \
     -V LPF1_MP.vcf.gz \
     --select-type-to-include SNP \
     -O PF1_MP_raw_snps.vcf

2. 提取indel

$ gatk SelectVariants \
     -R ~/ref/Mparg_v2.0.fa \
     -V LPF1_MP.vcf.gz \
     --select-type-to-include INDEL \
     -O LPF1_MP_raw_indel.vcf

参考材料：
https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/4404604678299-SelectVariants

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