微生物的指示作用
在生物处理城市污水时，如果着生的缘毛目多时，表明处理效果良好，出水BOD5和浊度低。(如小口钟虫、八钟虫、沟钟虫、褶钟虫、瓶累枝虫、微盘盖虫、独缩虫)这些缘毛目的种类都固定在絮状物上，并随窗之而翻动，其中还夹杂一些爬行的栖纤虫、游仆虫、尖毛虫、卑气管叶虫等，这说明优质而成熟的活性污泥。
小口钟虫在生活污水和工业废水处理很好时往往就是优势菌种。 如果大量鞭毛虫出现，而着生的缘毛目很少时，表明净化作用较差。大量的自由游泳的纤毛虫出现，指示净化作用不太好，出水浊度上升。
如出现主要有柄纤毛虫，如钟虫、累枝虫、盖虫、轮虫、寡毛类时，则水质澄清良好，出水清澈透明，酚类去除率在90%以上。 根足虫的大量出现，往往是污泥中毒的表现。 如在生活污水处理中，累枝虫的大量出现，则是污泥膨胀、解絮的征兆。 而在印染废水中，累枝虫则作为污泥正常或改善的指示生物。 (在石油废水处理中钟虫出现是理想的效果。 过量的轮虫出现，则是污泥要膨胀的预兆。 另在一些对原生动物不宜生长的污泥中，主要看菌胶团的大小用数量来判断处理效果。
变形虫（阿米巴）amoeba
顾名思义，变形虫是能变形的。不过这种变形也是有限度的。
一些种类的变形虫能向四外伸出假足，以探查水中的化学成分，决定移动方向。而有些种类根本没有假足。它们猎食时覆盖它的猎物，把猎物裹起来，这样就产生了一个食物泡，食物泡可以消化吸收猎物。
大多数变形虫对人体无害，但有几种变形虫能产生人类疾病：阿米巴痢疾，主要发生在贫穷国家。
变形虫食性广，单细胞藻类,细菌,小原生动物，真菌，有机碎片等皆是它们的食物。
变形虫生命力强，在条件不好时，可以形成一个包囊(休眠体)度过难关。
动态中的食物泡：食物泡中充满了酶，用来消化猎物，消化过程很容易用显微镜观察。
food vacuole：食物泡
nucleus：细胞核
变形虫的尾末端结构
并非所有种类的变形虫都有尾末端。
还是amoeba proteus
属于太阳虫目（Heliozoan）中间的圆形的东西是核,而细胞的外层部分有很多大的液泡。
两个太阳虫在分享一顿美食，可是不久其中的一个让出了食物，然后它们两个分开来。
图C 显示许多太阳虫个体组成了群体，进行捕食。
有一张污泥膨胀的照片，不太清楚。
大量的菌丝伸出菌胶团，菌丝形状稍弯，无分枝，长度在50um～200um之间，直径在0.7～1.4um之间，菌丝上有部分附着物，内有横隔，污泥结构变差。
显微镜下的颗粒污泥凝结核
生物相镜检
生物膜上的生物相植物型的以菌胶团和丝状菌为主，动物型的有原生动物(纤毛虫类为主)和后生动物(以轮虫类较多)。观察生物相的目的是通过掌握生物相的变化和废水处理的相应关系，找出规律来指导水处理，特别是通过指示生物的种类，数量，形态等特征来判断水质处理的效果。指示生物的出现有一定规律性，在挂膜阶段开始出现鞭毛虫类，后来陆续出现纤毛虫类，数量也由少到多，在正常运转阶段，以有柄的固着型纤毛虫类占主导地位，伴随着出现少量轮虫，它们是异养性微生物，以有机物颗粒为食，对水质净化起一定的作用。因此，在运转期，纤毛虫类(尤以钟虫，等枝虫，草履虫为佳)大量出现，说明水质处理正常。如出现大量轮虫，说明碳源不足；纤虫大量出现说明碳源过量；钟虫头顶气泡，说明溶解氧太高；如出现大量鞭毛虫,说明水质处理不正常。总之，通过一定时期的观测，各单位都能找出适应水质处理的指示生物来指导处理效果。
营养物质的控制
工业废水中，一般碳源是比较丰富的，氮、磷随水质不同差异较大。一般营养控制在BOD:NH3桸:P=100:3?:1的范围内，但也不是绝对的。菌种驯化效果好，承受营养物质的变化也就大。例如，无机氮源是废水中最易被微生物吸收的氮源，但当废水中无机氮源不足时，微生物便设法从有机物中摄取氮源，分解有机物，从简单的高分子向较复杂的高分子中摄取氮源。某单位进水中基本上无NH3桸，但总氮为28mg/l，检测出水总氮为14mg/l，说明微生物从有机物中吸取了氮，因此，微生物的营养一方面要调节，另一方面要不断地加以驯化，适应较为不利的环境，做到既要降低水处理成本，又要提高水处理效能。这就要求我们认真搞好池面管理，搞好各项数据的测试，使接触氧化法工艺真正发挥处理污水的能力。
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