找到TP53基因在TCGA数据库的肝癌数据集的表达情况

使用 http://www.cbioportal.org/index.do

背景

1.cBioPortal提供大规模癌症基因组学数据集的可视化，分析和下载。
2.TP53是肝癌最常见的基因突变之一，与不良预后密切相关。

1.打开http://www.cbioportal.org/index.do

2.选择liver cancer，输入TP53 gene

image.png

3.submit一下，我们要可视化，所以plot

image.png

左栏可以选择数据类型以及分类

4.我们看一下性别差异吧

image.png

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当然 我们可以自己画

1.从cbioportal网站下载表达数据

image.png
image.png

2.打开R，input数据，代码如下

plot_liver_cancer <- read.table("plot_liver_cancer.txt",sep = "\t",fill = T,header = T)
colnames(plot_liver_cancer)=c('id','subtype','expression','mut')
dat=plot_liver_cancer
library(ggstatsplot)
ggbetweenstats(data =dat, x = subtype,  y = expression)

上图

image.png

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参考来源：生信技能树

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