第一、对民生项目绩效评价缺乏指标体系
从公共财政的角度看，财政资金绩效评价就要考核资金用于社会事业即民生方面支出的比例有多大，涉及哪些方面：究竟有多少资金用于百姓生活必须的投入？其中用于环保、节能、图书馆、博物馆、社会事业的投入有多少？目前存在的百姓看病难、上学难、行路难、吃住难等问题，在农业支出中，究竟有哪些资金用于民生，这些都值得探讨。
第二、绩效理念尚未完全形成，思想认识不一致
财政资金本身错综复杂的利益关系，增加了对绩效评价工作认识的错综复杂性。财政部门、项目管理单位及项目执行单位的理解和把握就有较大的差距，从不同方面削弱了绩效评价工作的地位和作用。绩效评价主要以了解项目进展情况、财政资金使用情况进行监督检查为主，或多或少地涉及了评价绩效的内容，还没有成为真正意义上的财政资金绩效评价。全社会对绩效评价的认识还有一个过程，传统的、固有的观念给绩效评价工作带来相当大的阻力。
第三、绩效评价实施主体不明确
西方许多国家和世界银行等国际组织都有明确的管理主体和实施主体，而我国的财政绩效评价实施主体却不是很明确。有的市是委托评估机构，有的市是会计等中介机构或投资评审中心；省级的也是多样化，这很容易导致评价结果的水平差异性。绩效评价中介机构还不能适应评价工作需要，财政资金绩效评价的客观公正性难以保证。一是中介机构还未跳出审计、检查的思维，更多关注的是支出项目的合理性和有效性。二是中介机构人员的素质有待通过强化培训进一步提高。
第四、绩效评价工作缺乏法律性约束和制度保障
财政资金绩效评价工作要取得实效，必须得到立法支持，而且要制度化、经常化。而我国公共投资部门虽然也提出要完善项目投资决策程序，对国家重点投资项目要从立项决策、竣工验收直到财政资金绩效评价，实行全过程管理，但迄今尚未出台全国统一的有关财政资金绩效评价工作的法律法规，使我国财政资金绩效评价工作缺乏法律约束和制度保障。
第五、没有明确的管理机构
西方许多国家和世界银行等国际组织都设有公共支出绩效评价机构。我国则缺乏这样一个有权威性的财政资金绩效评价综合管理机构，财政资金绩效评价工作主要分散在各管理部门，各部门又主要从技术性能、项目管理方面进行财政资金绩效评价，指标、方法和组织程序差异大，难以形成统一的、全面的财政资金绩效评价。标准不统一，使财政资金绩效评价结果差异大，缺乏可比性，难以保障财政资金绩效评价结果的客观公正性。这是目前财政资金绩效评价工作发展滞后的重要原因。
第六、大范围进行支出项目的绩效评价，行政成本较高
如果对支出项目选择性进行绩效评价，需要进行绩效评价的支出项目如何确定，目前还没有统一规定或参考模式。一般情况下绩效评价的项目主要是重要的项目、资金额较大的项目以及会议确定和上级安排要评价的项目。由于财政资金范围广泛，涉及不同资金来源（包括预算内、预算外、基金、融资等）、不同使用领域、不同支出性质的资金，因此哪些项目需要进行绩效评价，目前范围不明确，随意性较大。对未进行绩效评价的项目如何通过与审计、财政检查等手段衔接来强化监督，也是需要解决的问题。
第七、绩效评价的指标缺乏科学性和系统性
财政资金绩效评价在实践中，评估指标体系不够完善，按照实施标准，指导性不够强，实施办法存在困难。按照绩效评价的指标一般是财政部门按通用的会计准则和财务规则确定，虽然具体、可操作性强，但过于简单，过于追求量化指标，不能客观全面反映项目支出的绩效。目前，各有关部门的财政资金绩效评价主要是通过若干固定的财务、技术和工程管理指标进行全过程评价，评价侧重于技术、工程和资金使用的合规性评价，对财政资金的使用效益评价不足；同时评价还缺乏一套科学、统一、完整的指标体系。这些远远不能满足从不同层面、不同行业、不同支出性质等方面进行综合、立体评价的要求。
第八、绩效评价的项目范围面不够宽、内容不完整
绩效评价内容不完整，还没有成为真正意义上的财政资金绩效评价。一是侧重于合规性评价，而忽视效益评价，评价主要是对简单数据的反映，重点审核项目支出行为是否符号现行的财务制度和国家有关规定，而忽视了对项目的效率或发展效益方面评价。二是评价对象仅局限于项目本身，而忽视项目内外因素的综合分析，达不到为政府宏观决策服务的目的。现在只是在部分行业部分项目进行，大部分项目尚未开展，同时只局限在项目支出方面，而基本支出方面尚未涉及。绩效评价内容一是侧重于合规性评价，而忽视效益评价，即使评价也是简单的一些数据反映，重点审核项目支出行为是否符合现行的财务制度和国家有关规定，忽视对项目的效率或发展效益方面评价。二是评价对象仅局限于项目本身，而忽视项目内外因素的综合分析。评价工作不仅涉及项目过程审核和投资回报评价，而且包括各种客观因素的评价，如评价社会环境、政策环境和自然环境对投资行为的影响，以及投资行为对行业、社会及整个经济运行的影响等，达不到为政府宏观决策服务的目的。
第九、缺乏绩效评价专业技术人才
绩效评价中介机构缺少项目评审人才，还不能适应评价工作需要，难以保证财政资金绩效评价的客观、公正性。如能建立电脑人才库，就可以方便使用。阳泉市2005年开发一套网络系统，按照资金运用编制，根据进度、金额，来评价社会经济运行情况，这样相对客观一些，并且和基础性资料相结合，但是限于能力水平，夭折了。
第十、绩效评价结果应用不够，缺乏有效的约束力
一是绩效评价的结果公开度不高，二是绩效评价的结果与以后的项目立项和资金安排很少挂钩，缺乏绩效评价的激励和约束机制。不仅使评价工作流于形式，而且影响了绩效评价的权威性，制约着绩效评价工作的深入开展。
目前财政资金绩效评价结果只是作为各有关部门项目建设档案保存，或作为有关部门加强新上项目管理的借鉴或参考，对于财政资金支出项目中的成绩、问题与相关责任，对项目执行过程中的各环节责任人没有任何直接约束，这在很大程度上会使财政资金绩效评价工作流于形式。
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