ClustalW----多序列比对分析(二)

作者: bcl_hx | 来源:发表于2019-12-10 20:34 被阅读0次

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基因家族分析（3）进化树构建及美化
MAFFT 7.0使用说明

承接上周
比对完成后生成.aln格式文件，该文件是多序列比对结果。
6) Enter name for new GUIDE TREE    file:23_phages.dhd   #输入生成GUIDE TREE的文件名。
7) contiune?   :y 
随后会生成.dhd格式文件，该文件是用于画进化树的。

file

3.2 ClustalW结果可视化

3.1多序列比对的可视化

多序列比对的可视化以GeneDoc软件为例，该软件只有windows版本。
https://genedoc.software.informer.com/download/
下载完成后解压，打开GENEDOC.EXE即可。
下面以ClustalW产生的.aln文件为例：

1.首先选择file中的import                #由于用的是ClustalW产生的选择type为Clustal，然后选import，把文件导入。
2.简单的可视化:P和H

file

3.2进化树文件的可视化

将.dhd文件上传到在线绘制进化树网站即可，可以自己调整图形。(https://itol.embl.de/)

file

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