承接上周
比对完成后生成.aln格式文件,该文件是多序列比对结果。
6) Enter name for new GUIDE TREE file:23_phages.dhd #输入生成GUIDE TREE的文件名。
7) contiune? :y
随后会生成.dhd格式文件,该文件是用于画进化树的。

3.2 ClustalW结果可视化
3.1多序列比对的可视化
多序列比对的可视化以GeneDoc软件为例,该软件只有windows版本。
https://genedoc.software.informer.com/download/
下载完成后解压,打开GENEDOC.EXE即可。
下面以ClustalW产生的.aln文件为例:
1.首先选择file中的import #由于用的是ClustalW产生的选择type为Clustal,然后选import,把文件导入。
2.简单的可视化:P和H



3.2进化树文件的可视化
将.dhd文件上传到在线绘制进化树网站即可,可以自己调整图形。(https://itol.embl.de/)

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