soupX原理介绍

文章简介

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背景简介

• soupX可以是单细胞转录组数据分析中 质控中的步骤。
  • 基于液滴法的单细胞转录组测序，液滴有以下其中情况，
    • 理想情况的 是单个细胞内转录组表达情况1，大多数情况没有这么理想，
    • 比如图二，测序的数据会包含游离mRNA污染，soupX针对这种情况对游离mRNA进行过滤
• 游离RNA来源于裂解细胞mRNA，存在于在单细胞悬液，给测序数据造成污染。soupX利用空液滴中游离RNA和聚类信息 来对表达量 进行矫正 达到去噪效果

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原理介绍

• soupX去噪一共分为3步，第一步：定义污染的表达文件，计算所有空液滴中，某基因counts占所有污染基因counts的比率(bg)
  • 计算方法：每个基因在所有空液滴的counts /所有空液滴中所有基因counts总和 ，如果一个液滴的 nUMI<10 则定义为空液滴
  • 通俗例子：很多箱子中有三种不同颜色的球：红白蓝，每种颜色球有不同数目，计算红球占比 红球个数/该箱子中所有球个数红球bg  红球代表某基因，箱子代表所有空液滴 每个基因 污染程度不同

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• 第二步：估计全局污染率反映：在细胞c中 游离mRNA的UMIs数 占总UMIs数 的比率

  • 两个前提：
    • 1. 一个液滴捕获的数据是 细胞内源mRNA UMI总和 + 游离mRNA的UMI 总和。
    • 2. 游离RNA在细胞悬液中均匀分布的该次实验中，每个细胞的污染率是相同的

  • 实际测到细胞c中基因g counts来源有两个 细胞内+背景污染的，现在ngc已知，计算出ogc，就可以得到我们想要的mgc

    
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• 第三步：对基因表达数据进行矫正，基于此 再将每个cluster的基因counts 分配给各个细胞

  
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文献中应用

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小结

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