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「scRNAseq」Normalization

「scRNAseq」Normalization

作者: 一路向前_莫问前程_前程似锦 | 来源:发表于2020-05-07 20:22 被阅读0次
  • Normalization aims
    1.基因的正常表达不应该与细胞的测序深度相关
    2.标准化之后的基因表达的差异应反映细胞间的生物学差异
    3.去除系统的非生物变异
    4.使count分布具有可比性
    5.对于3’ tagged data,通常只进行细胞特异性的归一化
    6.对于全长数据,还必须对基因长度进行归一化

  • Normalization methods
    Main approaches
  1. Size factors
  2. Probabilistic methods
    • Zero-inflated negative binomial (ZINB) models 零膨胀负二项(ZINB)模型
  • Feature selection 、Selecting genes

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