4.多样本宏观分析，如系统进化分析、分型、溯源分析等。
Phylogenetically informative mutations in genes implicated in antibiotic resistance in Mycobacterium tuberculosis complex
doi: 10.1186/s13073-020-00726-5
主要结果：使用llumina技术（MiSeq，NextSeq 500，HiSeq 2500）对样本进行测序。为了准确地解释基因型药物敏感试验（drug susceptibility testing，DST）的全基因组测序数据，需要全面了解结核分枝杆菌复合物（Mycobacterium tuberculosis complex，MTBC）中与抗生素耐药相关的基因的遗传变异的关系。该作者对405 个MTBC菌株进行了21种抗结核药物耐药性的92个基因的SNP检测，如下图所示分为了7 个进化分支，确定基因型与表型之间的关系。
5、可在基因层面对多个样本进行比较分析，也可在局部范围内（scaffold水平）进行样本间结构的比较。
Clinically relevant mutations in core metabolic genes confer antibiotic resistance
作者：Allison J. Lopatkin等 期刊：Science 时间：2019.2.15 影响因子：41.845
DOI： 10.1126/science.aba0862
主要结果：使用Illumina HiSeq 2500 进行基因组测序。为了评估这些代谢突变是否产生耐药性，根据其患病率和临床意义，选择了与代 谢相关的基因（sucA，gltD，ushA，icd，ycgG和yidA）和经典抗性（ompF，acrD和gyrA）的代表性子集。代谢突变使MIC增加到至少一种抗生素，而且在许多情况下超过一种抗生素,在所有情况下，代谢突变体至少对抗生素的一种耐药，与相应的MIC一致水平,这表明，代谢突变可能影响表达水平和/或催化活性，而不是蛋白质结构或功能，尽管这种机制效应并不明显。总的来说，这些结果表明，这些临床相关的代谢变异确实具有耐药性。
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