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遗传病知识图谱构建(3)导入数据到neo4j

遗传病知识图谱构建(3)导入数据到neo4j

作者: 续袁 | 来源:发表于2019-07-18 16:40 被阅读0次

1.文件准备

(1)节点文件:syndrome_node_info.csv; hpo_node_info.csv
(2)关系文件:syndrome_hpo.csv

2.导入文件

(1)把CSV文件复制到neo4j的import文件夹下;
(2)导入命令语句:

2.2 导入方法2

USING PERIODIC COMMIT 10
LOAD CSV FROM "file:///hpo_node_info.csv" AS line
create (a:hpo{movieId:line[0],name1:line[1],year:line[2],tag:line[3]})

neo4j-admin import \
 --database=stock.db \
    --ignore-duplicate-nodes=true \
    --ignore-missing-nodes=true \
    --id-type=string \
    --nodes=data/import/syndrome_node_info.csv\
    --nodes=data/import/hpo_node_info.csv
  
neo4j-admin import  --database=graph.db  --ignore-duplicate-nodes=true  --ignore-missing-nodes=true --id-type=string  --nodes=importdata/syndrome_node_info.csv  --nodes=importdata/hpo_node_info.csv


neo4j-admin import    --mode=csv  --database=syndrome_hpo.db  --ignore-duplicate-nodes=true  --ignore-missing-nodes=true --id-type=string  --nodes importdata/syndrome_node_info.csv  --nodes  importdata/hpo_node_info.csv
  

neo4j-admin import --mode=csv --database=moviegraphtest.db --nodes importdata\movies.csv --nodes importdata\actors.csv --relationships importdata\roles.csv
(1) 只导入节点
neo4j-admin import --mode=csv --database=syndrome_hpo.db --nodes importdata\syndrome_node_info.csv --nodes importdata\hpo_node_info.csv 
(2)导入节点和关系
neo4j-admin import --mode=csv --database=syndrome_hpo.db --nodes importdata\syndrome_node_info.csv --nodes importdata\hpo_node_info.csv  --relationships importdata\syndrome_hpo_relation_info.csv

执行此命令时,data/databases目录下一定不能有syndrome_hpo.db文件夹。

打开bin文件夹,新建importdata文件夹,将准备好的CSV文件复制进去。

然后打开D:\neo4j-community-3.5.0\data\databases,把graph.db删掉

再运行CMD到bin文件的目录下,因为到用到的命令就在bin文件中,输入命令

image.png image.png

3. 把配置文件的默认激活数据库设置成自己新建的(这一步特别重要)

其中graph.db是默认的,如果要修改成自己的数据库的名字,则需要修改配置文件
打开conf文件夹下面的neo4j.conf文件将dbms.active_database = graph.db 修改为 dbms.active_database = 你的数据库名称.db,并且将前面的#号删除掉,有#号表示并不执行,是默认设置,修改之后保存。

至此导入就完成了,在浏览器中可以看到导入的数据

参考资料

方法(1)

[1] neo4j进阶操作(四)neo4j导入csv,使用load导入csv文件进入neo4j
[2] 基于电影知识图谱的智能问答系统(二) -- Neo4j导入CSV文件
[3] 知识图谱构建6——将MySql数据存储到Neo4j中

方法(2)

[4] csv文件导入到neo4j数据库
[5] 将CSV格式文件导入Neo4j数据库
[6] 向Neo4j导入CSV文件

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