今天小麦研究联盟推了一篇新的文章（文章地址）。因为对其中的ATAC-seq感兴趣，遂打开TBtools尝试通过SRR号（SRR9647008）获取ENA的下载地址。
结果程序报错！错误代码为:
[Debug...All Standard Error Info will show as following:...]
Curr log file:/var/folders/x2/2fccg0vj49scz2l6slndcjl00000gn/T/TBtools.4065889472342426206.20200809172728.log
Curr java version:11.0.6
Curr TBtools version:1.049
Maxmum Memory for Curr TBtools: 4294967296
Funny....
srr.txt
Current Count: 1
Totally, 1 SRRnum to process...
Aug 09, 2020 5:31:02 PM biocjava.GUIexcutors.SRAtoolsGUI.SRR2ENALinksGUIPanel$3$1 run
SEVERE: null
java.io.IOException: Server returned HTTP response code: 500 for URL: https://www.ebi.ac.uk/ena/portal/api/filereport?accession=SRR9647008&result=read_run&fields=study_accession,sample_accession,secondary_sample_accession,experiment_accession,run_accession,tax_id,scientific_name,instrument_model,library_layout,fastq_ftp,fastq_galaxy,submitted_ftp,submitted_galaxy,sra_ftp,sra_galaxy,cram_index_ftp,cram_index_galaxy&download=txt
at java.base/sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection.getInputStream0(HttpURLConnection.java:1919)
at java.base/sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection.getInputStream(HttpURLConnection.java:1515)
at java.base/sun.net.www.protocol.https.HttpsURLConnectionImpl.getInputStream(HttpsURLConnectionImpl.java:250)
at toolsKit.HttpSgetData.getContent(HttpSgetData.java:71)
at biocjava.bioIO.SRAtools.GetENALinksOfSRR.getENAinfo(GetENALinksOfSRR.java:58)
at biocjava.bioIO.SRAtools.GetENALinksOfSRR.process(GetENALinksOfSRR.java:81)
at biocjava.GUIexcutors.SRAtoolsGUI.SRR2ENALinksGUIPanel$3$1.run(SRR2ENALinksGUIPanel.java:131)
很奇怪，因为之前用过不少次了头一次运行提示错误。
看到浏览器响应错误代码500。
尝试把网址直接填入地址栏：
ENA地址点这里跳转
浏览器提示：
Failed to convert value of type 'java.lang.String' to required type 'boolean'; nested exception is java.lang.IllegalArgumentException: Invalid boolean value [txt]
hmmm很怪了，试着去看看ENA他家的导出到底是什么。
https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SRR9647008
结果发现出现的地址末尾是：&format=txt&download=true
返回的值：
study_accession sample_accession secondary_sample_accession experiment_accession run_accession tax_id scientific_name instrument_model library_layout fastq_ftp fastq_galaxy submitted_ftp submitted_galaxy sra_ftp sra_galaxy cram_index_ftp cram_index_galaxy
PRJNA552871 SAMN12219945 SRS5066040 SRX6408585 SRR9647008 4565 Triticum aestivum NextSeq 500 PAIRED ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR964/008/SRR9647008/SRR9647008_1.fastq.gz;ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR964/008/SRR9647008/SRR9647008_2.fastq.gz ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR964/008/SRR9647008/SRR9647008_1.fastq.gz;ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR964/008/SRR9647008/SRR9647008_2.fastq.gz ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/srr/SRR964/008/SRR9647008 ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/srr/SRR964/008/SRR9647008
而之前报错的链接末尾是：&download=txt
好像是这个地址末尾出问题所以ENA无法返回正确的文件了。对我来说问题就明了了：可能是ENA更改了返回数据的参数，TBtools没有更新所以无法获取正确的参数。于是尝试把这一问题反馈到群里。但是在反馈的时候沟通非常失败。总结下来就：
- 没有正确的说出正在使用的功能。TBtools是一个有上百个功能的软件，SRR获取地址的功能就有两个。一个是SRA xml一个是SRR。如果一开始不说清楚是哪个功能，并且截图的时候没有截到对应的功能就会造成别人的误解。
- 没有明确并正确描述自己的问题，自己发信息到底是在请求帮助，还是提交bug，希望其他成员帮忙测试某个功能，还是提出意见建议。所以一开始群友就误解成使用上的错误需要帮助了。
- 还有就是在提交问题的时候遗漏了必要的信息，例如软件版本。
最后，我也需要认真反思自己因为初期沟通不畅导致后续一系列解释，浪费大家的时间。一开始图省事随意描述一下问题，觉得别人听不懂打开试一试也就知道了。但其实别人一开始看你描述的不清不楚的就烦了，不可能再仔细琢磨你到底想说什么……
沟通的最后就发现这问题好像只有我一个人遇到了……我还特意换了台电脑又试了一次，问题依旧……
好在问题不大，复制错误里的地址改个尾缀就能下载了。我想如果你看到这篇文多半也遇到了同样的问题。希望这篇文章能帮到你……（最好没有人看到，因为这就意味着真的只有我遇到这个问题）
TBtools是个很全面也很好玩的工具，希望每个做湿实验的研究者都能试试！
我继续去反省了。
8月10日更新
群主再次测试了功能确认是ENA那边的api接口换了。相信下一个版本就能修复。再次感谢陈大神的测试。希望每个认真负责、全身心付出的人都能有满意的回报。
说个题外话，其实最早的一段时间我一直在黑TBtools。在我的角度，一个软件示例做的不清楚，作者又标榜服务费一个小时360并推送自己的腾讯课堂，多少是市侩了点。但在陈大神的群里待了一个月，我不禁开始反思，现在的学生到底怎么看待开源软件的。换位思考，如果你每天看到开源客户每天都是重复问些巨婴式的问题，多半你也不会有什么好心情的吧。现在来看，作者口中那个一小时360更像是鼓励用户独立思考解决问题，鼓励用户群体建立一个在线互助平台（自己解决了相当于你省了360）。因为陈大神一直有回应用户提出的问题的，虽然有时候是在劝退用户（小黑粉+1）……并且几乎每天晚上10点半都会在腾讯课堂在线解答用户提出的问题、需求（课堂地址）。但目前课堂提问人数不是很多……这事很好理解，真去参加课堂的多半也是比较主动的，真懒的大概率也不愿意花自己晚上刷剧的时间去跟作者交流了。
陈大神的愿景很好，希望TBtools能够帮助那些专注于湿实验的科研人员，减少他们了解生物信息的门槛。现在的趋势也是这样，生物信息挖掘和单纯无脑的湿实验结合才是提升文章层次的最好方式。前者能够帮助科研人员提高研究精度和实验的可信度。后者的意义不用我多说了。尤其是那些没有精细基因图谱的非模式植物。
扯远了……总之，陈大神确实选择了一条最艰难、最不讨好的路。因为一个人但凡有点代码基础或者有自己思考的人都不会跑去群里问些没有深度的问题。能够@群主问问题的多数都是放弃了思考的人，这也是没办法的事，一个是大家过于习惯被动式学习，另一个是实验已经消磨掉大部分人的精力。
希望能够看到这里的专注于湿实验的朋友们能够抽点时间多了解一下TBtools的其他功能，说不定未来就能帮到你呢。谢谢！
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