文献学习 - Single-cell and bulk RNA sequencing highlights the role of M1-like infiltrating macrophages in antibody-mediated rejection after kidney transplantation - PubMed

背景： 抗体介导的排斥反应（ABMR）显着影响移植肾的存活，但 ABMR 中的巨噬细胞表型、个体发育和机制仍不清楚。

方法： 我们分析了来自 GEO 和 ArrayExpress 的移植后测序和临床数据。通过对 scRNA-seq 数据进行降维和聚类，我们识别了巨噬细胞亚群，并比较了它们在 ABMR 和非排斥病例中的浸润情况。 Cibersort 对大量样本中的这些亚群进行了量化。 Cellchat、SCENIC、monocle2 和 monocle3 有助于探索细胞间相互作用、预测转录因子并模拟细胞亚群的分化。剪刀法将巨噬细胞亚群与移植预后联系起来。此外，hdWGCNA、nichnet 和 lasso 回归确定了与选定巨噬细胞中核心转录因子相关的关键基因，并通过外部数据集进行了验证。

结果： 在五次移植后肾活检中鉴定出六个巨噬细胞亚群。 M1 样浸润巨噬细胞在 ABMR 中普遍存在，与病理损伤严重程度相关。 MIF 在这些巨噬细胞中充当主要的细胞间信号。 STAT1 调节单核细胞向 M1 样表型转化，通过 IFNγ 途径影响移植预后。基于STAT1上下游基因建立的预后模型有效预测了移植存活率。 TLR4-STAT1-PARP9 轴可能调节 M1 样浸润巨噬细胞的促炎表型，将 PARP9 确定为减轻 ABMR 炎症的潜在靶点。

结论： 我们的研究描绘了肾移植后 ABMR 中的巨噬细胞景观，强调了 M1 样浸润巨噬细胞对 ABMR 病理学和预后的有害影响。