Week 1

>help.search("function")      #不用拼全函数名也行
>function     #展示函数代码细节

Week 2

命令行接口

• pwd 输出当前路径
• clear 清屏
• ls 当前目录文件

image.png

• cd 进入目录

image.png

• mkdir 创建新目录
• touch 创建空文件
• cp 复制第一个参数是原本，第二个参数是复本路径，要复制文件夹加-r
• rm 删除，加-r删除文件夹
• mv 移动，如果第二个参数是新文件名，效果等同重命名
• echo 输出参数
• date 输出日期

Git

1. 官网下载，默认安装
2. 打开Git Bash

$ git config -global user.name "Your Name Here"
$ git config -global user.email "your_email@example.com"
$ git config --list    #查看信息
$ exit

3. 创建仓库

$ mkdir ~/test-repo
$ cd ~/test-repo
$ git init
$ git remote add origin https://github.com/yourUserNameHere/test-repo.git

4. 克隆仓库

$ git clone https://github.com/yourUserNameHere/repoNameHere.git

5. 添加文件

git add .    #添加工作目录下所有新文件
git add -u    #更新被更改或删除过的文件
git add -A    #以上两项

6. 提交到本地仓库

git commit -m "注释"

7. 推送到Github

 git push

8. 分支

git checkout -b branchname    #创建分支
git branch    #查看分支
git checkout master    #切换回主分支

R包

#from CRAN
install.packages("name")
install.packages(c("name1", "name2", "name3"))
#from Bioconductor
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()
biocLite(c("name1", "name2"))
#Loading
library(ggplot2)
search()    #显示该包所有函数名
find.package("devtools")    #查看是否已安装包
#更新R
install.packages("installr")
library(installr)
updateR()

Week 4

互改作业，结课^^