一. 什么是FastQC.

FastQC是一款基于Java的软件，一般都是在linux环境下使用命令行运行，它可以快速多线程地对测序数据进行质量评估。因为是一个Java软件，下载后可以直接使用，但是需要先自行配置好Java环境。

二.Linux下Java环境配置

1.首先在官网上下载Java SE Development Kit 8(Java SE开发工具包)，根据电脑配置，自行选择32位的或者64位的。

2.登录Linux，切换到root目录下，当前目录不变，但获取root权限

su root (然后输入密码)

3.新建一个目录

mkdir /usr/java(在uer目录下新建java目录)

4.将jdk-8u172-linux-x64.tar.gz通过MobaXterm导入到目录Biosofts下

5.解压压缩包指定存放到java下

tar -zvxf /home/poppy/Biosofts/jdk-8u172-linux-x64.tar.gz -C /usr/java/
(gz文件用tar解压，-C：指定需要解压到的目录)
也可分成两步完成，首先拷贝jdk-8u172-linux-x64.tar.gz到java下，再解压
cp /home/poppy/Biosofts/jdk-8u172-linux-x64.tar.gz /usr/java/
tar -zxvf jdk-8u172-linux-x64.tar.gz

6.建立一个链接以节省目录长度

ln -s jdk1.8.0_172 latest
ln -s /usr/java/latest default

7.设置环境变量

vi /etc/profile （用vi打开文件/etc/profile）
在末尾输入：
export JAVA_HOME=/usr/java/latest
export PATH=JAVA_HOME/jre/bin:$PASH（第一处是JAVA_HOME）

export CLASSPASH=.:JAVA_HOME/lib/tools.jar（第一处是JAVA_HOME)

8.运行命令来生效

source /etc/profile

9.检测是否配置成功

java -version

三.FsatQC的安装

1.下载

wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ fastqc_v0.11.7.zip

2.解压缩

unzip fastqc_v0.11.7.zip

3. cd FastQC

进入fastqc文件，可以看到里面有一个fastqc执行文件，

4. 修改权限

chmod 755 fastqc(将fastqc设置为可执行程序)

5.加入环境变量，可在任何目录下运行fastqc程序

echo 'export PATH=~/Biosofts/FastQC:$PATH' >>~/.bashrc

6.运行命令来生效

source ~/.bashrc