conda 安装R语言及其R包

conda能安装上R3.5之后的版本和R包。

001.下载conda

• windows 到清华 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 下载对应版本安装即可
• linux 下载命令示例
  wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

002.安装conda

bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

执行下面语句
source ~/.bashrc
执行后，本身就是没有任何提示

conda --help
出现conda的帮助文档信息，即表明conda安装成功
这里很重要，不管安装什么软件，都要检测是否安装成功！
如下所示
usage: conda [-h] [-V] command ...

conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.

Options:
......

继续调取conda子命令的帮助文档，如
conda create --help
conda install --help
处。

003.配置镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --show

004.环境管理

conda info --envs # 查看环境
conda create -n myenv # 创建一个环境

source activate myenv # 激活进入 myenv环境

conda deactivate # 退出当前环境
conda env remove --name myenv # 移除环境

005.安装软件

• 从conda网页内查找：http://bioconda.github.io/conda-recipe_index.html

• conda search PACKAGENAME：运行命令查找是否存在

• conda 安装R语言以及R包示例

conda info --envs # 查看环境
conda create -n R3.5 # 创建名为R3.5的环境
source activate R3.5
conda list #查看当前安装的软件
conda install r-base #安装R语言
conda install r-stringi # R包 以 r- 开头
conda deactivate # 退出当前环境

安装指定版本
conda install numpy=1.11：即安装能模糊匹配到numpy版本为1.11

conda install numpy==1.11：即精确安装numpy为1.11的版本

006.安装R包

进入https://anaconda.org/
搜索R包。例如repitools
拖动到最下面，有下载命令
conda install -c bioconda bioconductor-repitools
conda install -c bioconda/label/gcc7 bioconductor-repitools
conda install -c bioconda/label/cf201901 bioconductor-repitools
在conda安装的R环境下运行上述命令即可，不要使用conda环境运行哦。