1.QTL:Quantitative Trait Loci，概念自己查，说的是基因型和snp位点的关系，多用于单一种群，遗传背景简单的，避免受population structure的影响

2.GWAS，说的也是基因型和snp位点的关系，但是可以用于多种群间，比起qtl，他对于种群遗传背景的要求相对来说简单。

3.QTL的衍生概念

   1.cis-eQTL, 也称之为local eQTL，顺式eQTL

   2.trans-eQTL, 也称之为distant eQTL, 反式eQTL

    cis-eQTL是snp在基因调控区域的

    trans-eQTL不在基因区域，一般大于20MB，可能不在同一条染色体。

关于顺式和反式调控看这个链接，说的比较清晰
(25 封私信 / 11 条消息) 如何理解顺式作用元件、反式作用因子中的“顺式”“反式”？ - 知乎 (zhihu.com)