SRAtoolkit安装步骤

作者: 晓明_再出发 | 来源:发表于2018-10-15 22:11 被阅读22次

    SRAtoolkit是NCBI开发的一个用于SRA文件处理的软件包,包含许多有用的工具。

    SRAtoolkit安装步骤

    <h3>Step 1:下载SRAtoolkit软件包</h3>
    软件包下载地址在NCBI网站:
    https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
    目前最新版是2.9.2;有多个操作系统版本,我们选Ubuntu 64bit版;
    这里用wget的-P参数,设置下载文件保存的路径是~/Seqs/

    wget -P ~/Biosofts/ https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz
    

    <h3>Step 2:解压压缩包</h3>
    用tar命令的-C参数,设置解压文件保存路径在~/Biosofts

    tar zvxf ~/Seqs/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz -C ~/Biosofts
    

    <h3>Step 3:测试安装是否成功</h3>

    ~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin/fastq-dump -h
    

    屏幕显示结果:


    image.png

    <h3>Step 4:将sratoolkit安装文件路径加入环境变量</h3>

    echo 'export PATH=~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin:$PATH'  >> ~/.bashrc
    source ~/.bashrc
    

    <h3>Step 5:再次测试sratoolkit安装情况</h3>

    fastq-dump
    

    屏幕显示结果:


    image.png
    prefetch
    

    屏幕显示结果:


    image.png

    更详细步骤和说明,参见官网Documentation:
    https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=std

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