物种丰度星图
星图是展现物种丰度的统计图之一,它与饼图类似,每块扇形面积大小代表物种丰度的大小,但不同的是,星图每块扇形区域的长度(半径)与该物种的丰度有关,宽度是相等的,而与常规饼图扇形的宽度才是重要的,半径大小意义不大。
image如何不使用R语言绘制物种丰度星图?
云图图网站可以画!(www.cloudtutu.com,免费的哦~)
操作步骤如下:
①登录网址:www.cloudtutu.com(推荐使用360或者谷歌浏览器)
②输入用户名和密码(已经为大家填好了),输入验证码后即可登录;
③登录后在全部工具那一栏找到物种丰度星图,点击进入;
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作~
Step 01 上传文件
※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式进行部分处理,但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据,以便机器可以识别)
a)准备一个数据矩阵(形式参照示例数据,如微生物物种丰度表、基因表达量矩阵、代谢物含量表,也可以是测量数据,例如身高、体重、表型等);
b)表格需要带表头和列名,每一列为样本名,每一行为各种指标数据名,例如OTU、基因ID、身高、代谢物名称等;
c)请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事本中,将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。
Step 02 参数设置
2.1 物种数量:元素数量多少,剩余元素会合并成others展示
2.2 标签大小:图例标签文字大小,不宜设置过大
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Step 03 下载文件
点击“运行”开始作图,点击“下载”保存PDF格式的矢量图。PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。
Step 04 作图后处理
TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图,可通过矢量图处理软件进行编辑和调整(如:文字字体,文字大小,图片分辨率等)。
Step 05 写作建议
XXXX was performed on Tutools platform (https://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website.
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