R packages：phyloseq需要的样本元数据

作者: 佳名 | 来源:发表于2020-08-26 17:35 被阅读0次

R packages：phyloseq需要的样本元数据
R packages：phyloseq修改分组顺序
R packages：phyloseq提取特定属Genus的ta
R packages：phyloseq提取某一ASV或OTU
D4-R for Data Science
phyloseq: Explore microbiome pro
R语言学习指南(3) tidyverse的基础使用
R包：phyloseq: 扩增子统计分析利器
R packages
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样品分组，示例如下：

sample-id   group
SRR6025635  CK
SRR6025628  CK
SRR6025639  CK
SRR6025640  CK
SRR6025637  CK
SRR6025638  CK
SRR6025636  CK
SRR6025633  HFD
SRR6025634  HFD
SRR6025631  HFD
SRR6025632  HFD
SRR6025629  HFD
SRR6025630  HFD
SRR6025627  HFD

R packages：phyloseq需要的样本元数据
其中q2:types那行可以不写，如果分类是以数字来表示的，如1,2,3,代表不同的分组则需要标注这列对应的q2：...
R packages：phyloseq修改分组顺序
没有修改之前，默认顺序但是，我想把组顺序修改为：CON，HFD，FA。
R packages：phyloseq提取特定属Genus的ta
1.导入数据 2.抽平 3. 提取特定属Genus的tax 3.1 乳酸菌
R packages：phyloseq提取某一ASV或OTU
导入数据统计所有ASV的序列长度 ASV长度和在样本中总Count的关系提取名字前缀为f69045904的序列...
D4-R for Data Science
安装R包 install.packages("tidyverse")数据处理神包tidyverse 加载R包 li...
phyloseq: Explore microbiome pro
在Phyloseq的Tutorials，学习MergeData phyloseq支持包括对两个完全不同类别的数据对...
R语言学习指南(3) tidyverse的基础使用
tidyverse[https://www.tidyverse.org/packages]是为数据科学设计的R软件...
R包：phyloseq: 扩增子统计分析利器
phyloseq: 扩增子统计分析利器 phyloseq包对多类型数据的综合软件，并其对这些数据提供统计分析和可视...
R packages
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Code Function Click a function name in code and pressF2. ...